Molecular Dynamics and Clustering Techniques in the Study of Intrinsically Disordered Proteins and their Post-Translational Modifications

• Název práce v češtině: Studium vnitřně neuspořádaných proteinů a jejich post-translačních modifikací pomocí metod molekulové dynamiky a klastrovacích technik
• Název v anglickém jazyce: Molecular Dynamics and Clustering Techniques in the Study of Intrinsically Disordered Proteins and their Post-Translational Modifications
• Klíčová slova: chemický posun, NMR, neuspořádaný protein
• Klíčová slova anglicky: chemical shift, NMR, disordered protein
• Akademický rok vypsání: 2019/2020
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra biofyziky a fyzikální chemie (16-16110)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Jana Pavlíková Přecechtělová, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 16.03.2020
• Datum zadání: 16.03.2020
• Datum potvrzení stud. oddělením: 01.04.2020
• Datum a čas obhajoby: 31.01.2025 09:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 31.10.2024
• Datum odevzdání tištěné podoby: 08.12.2024
• Datum proběhlé obhajoby: 31.01.2025
• Oponenti: prof. Mgr. Lubomír Rulíšek, DSc.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Design of quantum mechanics-based protocols for the calculation and prediction of NMR chemical shifts in disordered proteins involved in the molecular mechanisms of neurodegenerative diseases. Optimization of the protocols towards applications in the structure characterization of disordered proteins by experimental NMR spectroscopy. Implementation of software tools and scripting frameworks facilitating database-driven NMR calculations. Application of the designed approaches to example intrinsically disordered proteins and comparison with fast semiempirical predictions.