Počítačová simulace skládání proteinů pomocí molekulové dynamiky s atomistickým modelem je zatím prakticky nedosažitelná. Pro zjednodušené modely (například HP nebo SICHO) a pokročilejší metody statistické termodynamiky (například Hamiltonian Monte Carlo a simulated tempering) dosažitelná může být. Cílem práce je směrem od nejjednodušších modelů a metod to vyzkoušet.