Kožní mikrobiota je hlavní součástí fyziologické obrany kůže a úzce interaguje s přirozeným imunitním systémem. Společně působí jako bariéra proti invazi patogenních mikrobů a proti přemnožení oportunních patogenů na povrchu kůže. Dalšími mechanismy, kterými mikrobiota přímo ovlivňuje hostitele, patří rozklad potu a kožního mazu, produkce mikrobicidních látek a hlavně udržování přirozené homeostázy kůže, jež je velice důležitá pro prevenci vzniku kožních onemocnění. V poslední době dochází k nárůstu kožních onemocnění asociovaných s dysbiózou. Projevy kožních chorob jsou také často vázány na určitou část kožního povrchu tzn. na určité bakteriální složení. Například psoriáza je častěji na loktech a kolenou, atopická dermatitida u dospělých na vnitřní straně předloktí. Proto se současné studie zaměřují na analýsu a porovnávání bakteriálních populací v místě kožního onemocnění s předpokladem, že nalezené změny v bakteriálních populacích povedou v budoucnu k přesnější diagnóze a léčbě kožních onemocnění.