Role of matrix metalloproteinases in regulation of late embryonic healing process

• Název práce v češtině: Úloha matrix metaloproteináz v regulaci pozdní fáze embryonálního hojení
• Název v anglickém jazyce: Role of matrix metalloproteinases in regulation of late embryonic healing process
• Klíčová slova: vývoj, hojení poranění, genová exprese, MMP
• Klíčová slova anglicky: development, wound healing, gene expression, MMP
• Akademický rok vypsání: 2019/2020
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Radek Šindelka, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem
• Datum přihlášení: 18.11.2019
• Datum zadání: 19.11.2019
• Datum odevzdání elektronické podoby: 14.04.2021
• Datum proběhlé obhajoby: 03.06.2021
• Oponenti: Mgr. Jan Procházka, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Hojení poranění je atraktivním tématem současné biologie a medicíny. Můžeme rozlišit dva typy: hojení dospělců, které je složité a je ukončeno tvorbou jizvy a hojení embryonální, které je daleko rychlejší a bezjizvé. V Laboratoři Genové Exprese bylo studováno embryonální hojení drápatky vodní pomocí transkiptomové analýzy a bylo nalezeno několik signalizačních drah aktivních v jednotlivých fázích hojení. V rámci diplomové práce se budeme zabývat nově určenou pozdní fází hojení (několik hodin po uzavření rány) a zejména úlohou remodelačních matrix metaloproteináz (MMP). Budu využívat širokou škálu přístupů od přípravy a kultivaci embryí v MMP inhibitorech, fenotypovou analýzu pomocí mikroskopických technik a detailní analýzu exprese a lokalizace vhodných buněčných markerů s využitím metod jako jsou in situ hybridizace a RT-qPCR. Postupně zavedu i analýzu aktivity MMP pomocí mikroinjikace a měření štěpení fluorescenčně značených MMP substrátů.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Wound healing is an attractive theme of biology and medicine. We can determine two types of healing: adult - complicated and resulting in scar formation and embryonic - faster and scarless. Laboratory of Gene Expression was focused on wound healing studies using combination of Xenopus laevis embryos and transcriptome analysis. Several signalling pathways active in different healing phases were identified. We will study newly defined late phase of healing (several hours after injury) and especially role of remodelling enzymes - matrix metalloproteinases (MMP). We will use broad scale of approaches from embryo preparation, cultivation in MMP inhibitors, phenotype analysis using microscopy and detail analysis of gene expression. We will also apply in situ hybridization and RT-qPCR of selected marker genes. New technique (microinjection and detection of MMP activity using fluorescently labelled substrates) will be introduced.