The role of DNA minor groove deformation in specific recognition of DNA by proteins

• Název práce v češtině: Role deformace malého žlábku DNA ve specifickém rozpoznání DNA proteinem
• Název v anglickém jazyce: The role of DNA minor groove deformation in specific recognition of DNA by proteins
• Klíčová slova: malý žlábek, DNA, shape readout, protein—DNA interakce, rekognice DNA sekvence
• Klíčová slova anglicky: minor groove, DNA, shape readout, protein-DNA interactions, DNA sequence recognition
• Akademický rok vypsání: 2019/2020
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 15.11.2019
• Datum zadání: 20.02.2020
• Datum odevzdání elektronické podoby: 07.08.2020
• Datum proběhlé obhajoby: 18.09.2020
• Oponenti: RNDr. Mgr. Martin Lepšík, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Cílem diplomové práce bude charakterizace geometrických a fyzikálně-chemických vlastností malého žlábku DNA a jejich vztah se složením mezimolekulového rozhraní v protein—DNA komplexech. Předmětem studia budou 3D struktury protein—DNA komplexů získáné z Protein Data Bank. Hlavními studovanými charakteristikami budou dimenze malého žlábku a aminokyselinové složení protein—DNA rozhraní.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

This master thesis aims to characterize geometric and physicochemical properties of minor DNA groove and the relationship between aforementioned properties and the composition of protein—DNA interface using 3D structures of protein—DNA complexes obtained from the Protein Data Bank. In this study, the dimensions of the minor DNA groove and the amino acid composition of the protein—DNA interface will be studied as the main characteristics.