Porovnávací analýza izolátů Clostridioides difficile kultivovaných z různých zdrojů.
| Název práce v češtině: | Porovnávací analýza izolátů Clostridioides difficile kultivovaných z různých zdrojů. |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | A comparative analysis of the isolates of Clostridioides difficile derived from different sources. |
| Klíčová slova: | Clostridioides difficile; Zoonóza; Antimikrobiální rezistence; Typizace. |
| Klíčová slova anglicky: | Clostridioides difficile; Zoonoses; Antimicrobial resistance; Typing. |
| Akademický rok vypsání: | 2019/2020 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140) |
| Vedoucí / školitel: | Mgr. Marcela Krůtová, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem |
| Datum přihlášení: | 07.11.2019 |
| Datum zadání: | 07.11.2019 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 26.12.2021 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 01.02.2022 |
| Oponenti: | MVDr. Petr Ježek |
| Předběžná náplň práce |
| Clostridium difficile je významným nozokomiálním patogenem, avšak v současné době dochází k nárůstu incidence infekcí vyvolaných C. difficile (CDI) i v komunitě. Výskyt C. difficile byl popsán také u hospodářských či domácích zvířat, v potravinách a v životním prostředí.
Náplní diplomové práce bude a) porovnávací analýza humánních izolátů C. difficile a izolátů C. difficile kultivovaných od zvířat a z prostředí s cílem objasnění jejich genetické příbuznosti, a) zmapování akumulace antimikrobiální rezistence a tím definování rizikových antibiotik pro použití v humánní a veterinární medicíně. Pro charakterizaci izolátů bude použita ribotypizace s detekcí pomocí kapilární elektroforézy, analýza variabilních úseků genomu obsahující tandemové repetice (MLVA) pro určení vzájemné genetické příbuznosti izolátů stejného ribotypu a celogenomového sekvenování (WGS) pro detailní fylogenetickou analýzu. Dále bude testována citlivost k antimikrobním látkám a zjišťovány příslušné molekulární determinanty rezistence z genomových dat. |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| Clostridioides difficile is an important nosocomial pathogen but recently an increase in the incidence of C. difficile infection (CDI) was also observed in the community. The occurrence of C. difficile was also reported in livestock, pets, food and the environment.
The aim of the diploma thesis is to provide a comparative analysis of human C. difficile isolates and C. difficile isolates derived from livestock and the environment. The objectives are: a) to determine the genetic relatedness of C. difficile isolates derived from different sources in order to identify possible routes of C. difficile transmission; b) to detect the acquired antimicrobial resistance in these C. difficile isolates and to define the risk antibiotics used in human and veterinary medicine. The C. difficile isolates will be characterized using high-resolution capillary-based PCR ribotyping, Multi-Locus Variable number tandem repeat Analysis (MLVA), for the determination of the genetic relatedness of isolates of the same ribotype, and whole genome sequencing (WGS) for detailed phylogenetic analysis. In addition, antimicrobial sensitivity testing will be performed followed by an investigation of the molecular antimicrobial resistance determinants from WGS data. |