Genomická analýza Paenibacillus larvae ve vztahu k jeho virulenci

• Název práce v češtině: Genomická analýza Paenibacillus larvae ve vztahu k jeho virulenci
• Název v anglickém jazyce: Genomic analysis of Paenibacillus larvae and its relation to virulence
• Klíčová slova: Paenibacillus larvae, virulence, mor včelího plodu, celogenomová sekvenace
• Klíčová slova anglicky: Paenibacillus larvae, virulence, American foulbrood, Whole Genom Sequencing
• Akademický rok vypsání: 2018/2019
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: prof. Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem
• Datum přihlášení: 15.11.2018
• Datum zadání: 14.01.2019
• Datum odevzdání elektronické podoby: 04.06.2020
• Datum proběhlé obhajoby: 13.07.2020
• Oponenti: doc. RNDr. Radovan Fišer, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Paenibacillus larvae je významným patogenem včely medonosné způsobující mor včelího plodu. Toto onemocnění je považováno za jedno z nejnebezpečnějších onemocnění včel v důsledku tvorby velmi odolných spor. Dlouhou dobu je pozornost věnována faktorům virulence tohoto patogena. Jedná se především o různé proteázy, chitinázy apod. Přesto však patogeneze onemocnění není objasněna. Analýzy budou prováděny na izolátech P. larvae z České republiky, které se liší různou virulencí. Kmeny budou sekvenovány na platformě MiSeq (Illumina) a Sequel (PacBio). Ze získaných dat budou provedena epizootologická srovnání na molekulární úrovni. Budou vyhledávány geny, které jsou asociované s různou virulencí kmenů P. larvae.
Hypotéza: Celogenomová sekvenace může objasnit rozdíly ve virulenci P. larvae. Virulence může být ovlivněna chromozomálními determinantami, ale také mobilními genetickými elementy (např. plazmidy, bakteriofágy), které se mohou v bakteriální populaci šířit horizontálně.