Cytogenetická část práce bude zaměřena na identifikaci frekventovaných chromozomových přestaveb v karyotypech pavouků s holokinetickými chromozomy, evoluci repetitivně uspořádaných genů (18S rRNA, 5S rRNA, H3) a meiotického dělení. U zástupců několika diverzifikovaných rodů (Dysdera, Harpactea, Dysderocrates, Segestria) bude stanovena poloha repetic vybraných genů na chromozomech. Srovnání vzoru repetic u příbuzných druhů umožní stanovit přestavby, ke kterým docházelo v průběhu evoluce. Holokinetické chromozomy se vyznačují modifikovaným chováním a segregací v meiotického dělení. Detekce genů na chromozomech umožní detailně analyzovat segregaci chromozomů v průběhu prvního a druhého meiotického dělení a rekonstruovat evoluci meiotického chování holokinetických chromozomů u pavouků. V bioinformatické části projektu budou pomocí programu RepeatExplorer identifikovány a charakterizovány nejčastější repetice v genomech modelových druhů. Tyto druhy budou reprezentovat hlavní evoluční větve pavouků s holokinetickými chromozomy. Genomová data pro analýzu budou získána shot-gun NGS sekvenací s nízkým pokrytím genomu, která bude provedena na zakázku firmou. Program RepeatExplorer je nový, silný bioinformatický nástroj pro identifikaci a charakterizaci repetitivní genomove frakce. Výstupem RepeatExploreru budou asemblované konsenzuální sekvence repetic ve studovaných genomech. Následně budou navrženy primery a amplifikovány sondy pro in situ lokalizaci vybraných repetitivních elementů na chromozomových preparátech modelových druhů. Informace o repeticích mohou být důležité pro objasnění evoluce holokinetických chromozomů u pavouků.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
In the framework of the project, structure and evolution of holokinetic chromosomes in spiders will be analysed by selected cytogenetic and bioinformatic approaches.
- zadáno vedoucím/školitelem