Faktory virulence komplexu Trichophyton benhamiae

• Název práce v češtině: Faktory virulence komplexu Trichophyton benhamiae
• Název v anglickém jazyce: Virulence factors of the Trichophyton benhamiae complex
• Klíčová slova: dermatofyty, Trichophyton benhamiae, faktory virulence, genová exprese, volatilní organické látky
• Klíčová slova anglicky: dermatophytes, Trichophyton benhamiae, virulence factors, gene expression, volatile organic compounds
• Akademický rok vypsání: 2018/2019
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra botaniky (31-120)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Adéla Wennrich, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem
• Datum přihlášení: 04.10.2018
• Datum zadání: 04.10.2018
• Datum odevzdání elektronické podoby: 09.08.2020
• Datum proběhlé obhajoby: 02.09.2020
• Oponenti: prof. Roman Labuda, dipl. ing., Ph.D.

Seznam odborné literatury

Burmester A, Shelest E, Glöckner G, Heddergott C, Schindler S, et al. (2011) Comparative and functional genomics provide insights into the pathogenicity of dermatophytic fungi. Genome biology 12: R7.
Wang H, Qi M, Cutler AJ (1993) A simple method of preparing plant samples for PCR. Nucleic acids research 21: 4153.
Zaugg C, Monod M, Weber J, Harshman K, Pradervand S, et al. (2009) Gene expression profiling in the human pathogenic dermatophyte Trichophyton rubrum during growth on proteins. Eukaryotic cell 8: 241-250.
Jousson O, Léchenne B, Bontems O, Mignon B, Reichard U, et al. (2004) Secreted subtilisin gene family in Trichophyton rubrum. Gene 339: 79-88.
Martinez DA, Oliver BG, Gräser Y, Goldberg JM, Li W, et al. (2012) Comparative genome analysis of Trichophyton rubrum and related dermatophytes reveals candidate genes involved in infection. MBio 3: e00259-00212.
Staib P, Zaugg C, Mignon B, Weber J, Grumbt M, et al. (2010) Differential gene expression in the pathogenic dermatophyte Arthroderma benhamiaein vitro versus during infection. Microbiology 156: 884-895.

Předběžná náplň práce

Práce se bude zabývat porovnáním genové exprese u více/méně virulentích kmenů druhu Trichophyton benhamiae. Na základě transkriptomu získaného z několika vzorků kultivovaných na ex vivo kožních modelech bude možné zjistit, jaké geny jsou během persistence patogena na hostiteli přepisovány a také v jaké míře jsou přepisovány. Pro nejslibnější regiony DNA dudou vytvořeny RT-PCR próby, s nimiž bude studentka moci stanovit míru exprese i u dalších desítek podobně získaných vzorků. Jedním z cílů práce bude také modifikovat stávající protokol, kterým bude možné izolovat více kvalitní RNA pro další použití. Soužástí práce bude také analýza spekter volatilních organických metabolitů jednotlivých zástupců T. benhamiae.
Cíle práce:
· Připravit ex vivo kožní model pro studium T. benhamiae.
· Metodami RNAseq a RT-qPCR na základě diferenciální genové exprese epidemických a neepidemických zástupců identifikovat potenciální faktory virulence.
· Ze spekter volatilních metabolitů zástupců T. benhamiae vytypovat látky specifické pro jednotlivé populace.
· Ověřit, zda výsledky použitých analýz odpovídají fylogenetickému rozdělení studovaných kmenů.