Projekt vychází z funkčního metagenomického přístupu, jímž se podaří zjistit jak v laboratorních podmínkách kultivovatelnou tak i nekultivovatelnou mikrobiální populaci specializovanou na aerobní degradaci aromatických sloučenin. Zaměření projektu je především orientováno na metagenomickou organizaci a diverzitu extradiolových dioxygenázových genů a dále na metabolické dráhy štěpící aromatická jádra v poloze meta, které jsou aktivní v prostředí vysoce kontaminovaném aromatickými a polyaromatickými uhlovodíky. Komplexní přístup bude aplikován pomocí vysokokapacitního sekvenování a analýzy metagenomových klonů a mikrobiálních komunit s aktivitou ke katecholu, funkční analýzy nových reprezentativních proteinů se specificitou k různým katecholovým substrátům, monitorování přežití genů během kultivací mesokozmů s půdou z kontaminovaných lokalit a pomocí mapování geografické distribuce izolovaných genů kódujících extradiolové dioxygenázy štěpící aromatická jádra.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
The proposal is taking advantage of the functional metagenomic approach for revealing of both cultivable and uncultivable in laboratory conditions members of the microbial community that are specialized in aerobic degradation of aromatic compounds. The study is focused on the metagenomic organization and diversity of extradiol dioxygenase genes and meta-cleavage pathways, active in highly contaminated with mono- and polyaromatic hydrocarbons environments. Complex approach will be applied involving high-throughput sequencing and analysis of metagenomic clones and microbial communities with activity to catechol, functional analysis of new representative proteins for identifying their specificity to different catecholic substrates, monitoring the survival and abundance of the genes during outdoor mesocosm cultivations with real contaminated soil, and mapping the geographic distribution of the isolated genes encoding aromatic ring-cleavage extradiol dioxygenases
- zadáno vedoucím/školitelem