Koevoluce živočichů a jejich intestinální mikrobioty v kontextu koncepce holobionta

• Název práce v češtině: Koevoluce živočichů a jejich intestinální mikrobioty v kontextu koncepce holobionta
• Název v anglickém jazyce: Coevolution of animals and their microbiota in the context of holobiont concept
• Akademický rok vypsání: 2016/2017
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra zoologie (31-170)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Jakub Kreisinger, Ph.D.
• Řešitel: Mgr. Jan Kubovčiak - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 24.10.2016
• Datum zadání: 24.10.2016
• Datum potvrzení stud. oddělením: 24.10.2016

Předběžná náplň práce

Těla živočichů jsou kolonizována komplexními společenstvy mikroorganismů, takzvanou mikrobiotou. Mezi hostiteli a jejich mikrobiotou se v průběhu společné evoluce vyvinula celá řada vzájemných interakcí. Tato úzká asociace vedla k představě že evoluce jak genomu hostitele tak i metagenomu s ním asociovaných mikrobiálních společenstev je do značné míry ovlivněna sdílenými evolučními tlaky. Tento typ asociace je označován na úrovni hostitele a jeho mikrobioty jak holobiont a na úrovni souboru genů hostitele a metoagenomu mikrobiálního společenstva jako hologenom. Termíny holobiont respektive hologenom jsou v současné literatuře týkající se interakcí mezi mikrobiotou a hostitelem značně nadužívány bez ohledu na to, že zásadní předpoklady které vymezují holobionty a jiné formy koexistence mezi živočichy a mikrobiálními organismy byly testovány jen výjimečně. Podle recentního kritického zhodnocení (Borderstein et al. 2015) je holobiont vymezen tím, že převážná část evoluce mikroorganismů probíhá v těle hostitele a že mikroorganismy tvořící součást holobionta jsou transgeneračně děděné. V průběhu svého postgraduálního studia se student bude zabývat testováním těchto předpokladů na základě analýzy svých vlastních dat a již publikovaných datasetů a za použití analytických nástrojů které začal tvořit během své diplomové práce.



Reference:
Bordenstein, Seth R., and Kevin R. Theis. "Host biology in light of the microbiome: ten principles of holobionts and hologenomes." PLoS Biol 13.8 (2015): e1002226.