V rámci práce bude osekvenováno několik desítek druhů rodu Curcumu pomocí kombinace Hyb-Seq metody a genome skimmingu. Tato metoda spočívá v selektivním obohacení NGS knihoven o stovky až tisíce předem vybraných genů. Pro rod Curcuma je k dispozici 1 180 genů. V rámci těchto genů budou vyhledávány jednotlivé alely, z jejichž distribuce bude možné zjistit dávnější i recentní hybridizační/alopolyploidizační události. Tyto události budou také relativně datovány. Sekvence získané pomocí NGS obsahují kromě cílových genů také informaci o celém chloroplastu, rDNA cistronu a relativním zastoupení jednotlivých typů repetitivních sekvencí, které mohou být zodpovědné za změny velikosti genomu. Abundance vybraných typů repetic bude porovnána s velikostí genomu a s datovanou fylogenezí rodu s cílem zjistit rychlosti změn velikosti genomu a jejich příčinu.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Several tens of Curcuma species will be sequenced using combination of Hyb-Seq and genome skimming methods. This method includes targeted enrichment of sequencing libraries and thus sequences of hundreds to thousand of pre-selected genes are obtained. For the genus Curcuma 1 180 genes are available. Within these genes individual alleles will be identified and from their distribution it will be possible to detect ancient and recent hybridization/polyploidization events. These events will be also relatively dated. Sequences obtained using NGS include not only target genes but also information about whole chloroplast, rDNA cistron and relative abundance of particular types of repetitive sequences that can be responsible for gnome size changes. Abundance of selected repetitive sequences will be compared to genome size and with dated phylogeny inorder to detect rate of genome size changes and their cause.
