Doktorský projekt bude zaměřen na měření celochromozomové a celogenomové rekombinace, zvláště pak výskyt meiotické nonreciproké rekombinace (genové konverze) a na charakterizaci nereciprokých výměn vzhledem k jejich rozsahu a lokalizaci v genomu. Modelovým systémem, který ověří možnost přímé detekce a charakterizace meiotické nonreciproké rekombinace u savců, budou genotypizační a sekvenační genomická data získaná z přenesených chromozomů u chromozomálních substitučních kmenů myší, u kterých se očekává zhruba desetinásobné obohacení těchto událostí, případně hybridních kříženců těchto myších kmenů. Kvantitativní analýza frekvence nonreciprokých rekombinací umožní nový vhled do mechanismu meiotické rekombinace, včetně možného podílu dosud hypotetické rekombinace mezi sesterskými chromatidami. Toho by mohlo být dosaženo mimo jiné porovnáním výskytu meiotické rekombinace u inter-subspecifických a intra-subcpecifických konsomických kmenů. Objasnění vztahu různých typů meiotické rekombinace a synapse homologních chromozomů je nezbytným předpokladem k poznání jejich úlohy v přesné segregaci chromozomů do pohlavních buněk, jejíž poruchy mohou vést ke vzniku aneuploidií. Doktorand zvládne bioinformatické metody nezbytné k analýze velkých souborů genomických dat, zvláště analýzu dat z genotypovacích čipů a next-gen sekvenování, a bude se podílet i na experimentální „wet-lab“ práci validací svých in silico výsledků pomocí PCR amplifikace a Sangerovy sekvenace kritických úseků genomu.
- zadáno vedoucím/školitelem