Hierarchical visualization of the chemical space
| Název práce v češtině: | Hierarchická vizualizace chemického prostoru |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Hierarchical visualization of the chemical space |
| Klíčová slova: | chemoinformatika; chemický prostor; vizualizace molekul |
| Klíčová slova anglicky: | cheminformatics; chemical space; molecular visualization |
| Akademický rok vypsání: | 2014/2015 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | angličtina |
| Ústav: | Katedra softwarového inženýrství (32-KSI) |
| Vedoucí / školitel: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 09.07.2015 |
| Datum zadání: | 22.09.2015 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 08.06.2016 |
| Datum a čas obhajoby: | 13.09.2016 09:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 28.07.2016 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 28.07.2016 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 13.09.2016 |
| Oponenti: | Mgr. Petr Škoda, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| Cílem práce je navrhnout a implementovat přístup k hierarchické vizualizaci chemického prostoru. Chemickým prostorem můžeme rozumět množinu všech myslitelných chemických sloučenin, ovšem typicky se zaměřujeme pouze na malé sloučeniny zhruba do 30 atomů. Chemické sloučeniny nelze jednoduše reprezentovat v 2D prostoru, ale lze je popsat jejich charekteristickými vlastnostmi a na jejich základě mezi nimi definovat podobnost. Tento popis a podobnost mohou být pak využity k projekci molekul do 2D prostoru pomocí metod jako je PCA nebo multidimesional scaling. Tyto vizualizace však lze použít pouze pro relativně malou sadu sloučenin a nejsou vhodné k reprezentaci celého prostoru. V rámci práce bude třeba vytvořit hierarchii chemických sloučenin, která umožní přehlednou vizualizaci libovolně velké sady sloučenin, potenciálně pak celého prostoru. Hierarchie může být vytvořena několika způsoby, například pomocí metod hierarchického shlukování nebo metod tzv. molekulárních scaffoldů. Součástí diplomové práce bude návrh těchto přístupů a jejich implementace do interaktivní vizualizační aplikace. |
| Seznam odborné literatury |
| [1] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010
[2] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 [3] Rajarshi Guha, Andreas Bender. Computational Approaches in Cheminformatics and Bioinformatics. Wiley, 2014 |