Interakce mezi střevními parazity a gastrointestinální mikrobiotou u myši domácí

• Název práce v češtině: Interakce mezi střevními parazity a gastrointestinální mikrobiotou u myši domácí
• Akademický rok vypsání: 2014/2015
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra zoologie (31-170)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Jakub Kreisinger, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Trávicí trakt obratlovců je kolonizován bohatou komunitou komenzálních a symbiotických druhů bakterií, které mají značný vliv fyziologii a imunitu svého hostitele. Variabilita ve složení gastrointestinální mikrobioty (GM) mezi jedinci je ovliněna řadou vnějších činitelů, v neposlední řadě pak interakceni se střevními parazity. Nerušení normálního složení gastrointestinální mikrobioty může souviset se vznikem celé řady metabolických a autimunitních onemocněních. Prevalence těchto chorob je často vyšší v ekonomický rozvinutých zemích. Složení lidské GM v těchto státech navíc vzkazuje odlišnosti od GM v rozvojových zemích To vede k domněnce, že vyšší hygienické standarty ve vyspělých zemích mohli vést k narušení přirozených interakcí mezi GM a lidským imunitním systémem v důsledku absence střevních parazitů které tyto interakce do značné míry modulují.
Cílem této práce je zjistit, do jaké míry ovliňují střevní paraziti (hlavně parazitičtí helminti rodu Syphacia, Trichuris a Aspiculuris) GM u dvou poddruhů myši domácí. Vzoky pro tento projekt jsou již k dispozici včetně jejich detailního parazitologického rozboru. Úkolem studenta bude analyzovat složení bakteriálních společenstev za použití moderních sekvenačních technologií a výsledná data zpracovat pomocí patřičných bioinformatických a statistických nástrojů. Náš tým má dostatečné know-how i finanční zázemí k realizaci tohoto projektu.
Toto téma otevírá případným zájemcům možnost seznámit s nejmodernějšími technologiemi evoluční genomiky a osvojit si moderní analytické postupy, které tato data vyžadují. Tyto dovednosti jsou v současné době v akademické komunitě vysoce žádané (viz např. http://evol.mcmaster.ca/evoldir.html nebo http://www.nature.com/naturejobs/science/) a předkládaný projekt tak může značnou měrou přispět k jeho profesnímu růstu.

Literatura:
Broadhurst, M. J., Ardeshir, A., Kanwar, B., Mirpuri, J., Gundra, U. M., Leung, J. M., ... & Loke, P. N. (2012). Therapeutic helminth infection of macaques with idiopathic chronic diarrhea alters the inflammatory signature and mucosal microbiota of the colon. PLoS pathogens, 8(11), e1003000.
De Filippo, C., Cavalieri, D., Di Paola, M., Ramazzotti, M., Poullet, J. B., Massart, S., ... & Lionetti, P. (2010). Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(33), 14691-14696.
Kreisinger, J., Čížková, D., Vohánka, J., & Piálek, J. (2014). Gastrointestinal microbiota of wild and inbred individuals of two house mouse subspecies assessed using high‐throughput parallel pyrosequencing. Molecular ecology, 23(20), 5048-5060.