Biomarkery prognózy a účinnosti terapie ovariálního karcinomu

• Název práce v češtině: Biomarkery prognózy a účinnosti terapie ovariálního karcinomu
• Název v anglickém jazyce: Biomarkers of prognosis and therapy efficacy in ovarian carcinoma
• Klíčová slova: ovariální karcinom, biomarker, platinové deriváty, taxany, chemorezistence, prognóza
• Klíčová slova anglicky: ovarian carcinoma, biomarker, platinum derivatives, taxanes, chemoresistance, prognosis
• Akademický rok vypsání: 2014/2015
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: doc. RNDr. Pavel Souček, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 05.11.2014
• Datum zadání: 05.11.2014
• Datum odevzdání elektronické podoby: 11.08.2016
• Datum proběhlé obhajoby: 08.09.2016
• Oponenti: RNDr. Michaela Schierová, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Karcinom prsu je nejčastějším nádorovým onemocněním u žen a jen v ČR tomuto onemocnění podlehne více než 1500 žen ročně (UZIS). Další gynekologické nádory, např.: ovaria a děložního čípku jsou rovněž velkou hrozbou pro ženskou populaci na celém světě. Náklady na terapii pacientek jsou extrémně vysoké a kromě prevence a skríninku ohrožené populace je další cestou ke snižování mortality poznávání faktorů účinnosti léčby. Řada pacientek navíc léčbu špatně snáší nebo u nich dochází k návratu onemocnění. Příčiny selhání léčby nejsou dostatečně prozkoumány a z tohoto důvodu je třeba se jejich studiu věnovat.
Hlavním úkolem diplomové práce bude studium genové exprese a genetické variability faktorů, které byly spojeny s resistencí u pacientů nebo in vitro modelů na školícím pracovišti (Hubáčková et al. Int J Cancer 2012, Hlavatá et al., Mutagenesis 2012, Brynychová et al., Future Oncol 2013, Hlaváč et al., Pharmacogenomics 2013, Ehrlichová et al., Genomics 2013, Kunická et al., PlosONE 2014) nebo v literatuře (rešerše a výuka základních metodik v prvním půlroce). Pro analýzy budou použity kohorty 50-100 pacientek, od nichž jsou k disposici vzorky nádorových i nenádorových tkání a DNA z periferních lymfocytů. Hlavním záměrem studia jsou karcinomy prsu, ovaria a děložního čípku, které jsou získávány v rámci spolupráce s řadou klinických pracovišť. V tkáňových vzorcích budou stanoveny hladiny transkriptů genů kódujících především enzymy metabolismu a transportu cytostatik a rovněž jejich cíle, např.: geny apoptosy, opravy DNA nebo buněčného cyklu (rok 2015). Tyto markery budou korelovány s klinickými daty a výsledkem terapie pacientek. Dalším úkolem studia bude prostudovat případnou souvislost fenotypu korelujících biomarkerů s genotypem analýzou funkčně významných polymorfismů v DNA z krve pacientek (zima 2015-2016).
Ke studiu budou využity metody 1/ kvantitativní PCR v reálném čase (qPCR) k profilování genové exprese funkčně významných markerů a sledování rozdílů mezi nádorovou a kontrolní tkání pacientek a mezi pacientkami odlišně odpovídajícími na léčbu nebo rozdělenými podle přežití, 2/ genotypové a haplotypové analýzy kandidátních genů identifikovaných pomocí qPCR analýz (alelická diskriminace, DNA sekvenování, vysokorozlišující analýza tání - HRM a exomová sekvenace - NGS). K hodnocení vztahů mezi genotypem a fenotypem sledovaných faktorů a souvislostí s klinickými daty budou použity základní statistické metody, např.: parametrické testy ANOVA, Fisherův test nebo T-test a neparametrické testy Kruskall-Wallis, Mann-Whitney nebo Spearmanův korelační test podle distribuce dat.
Motivem práce je zavedení metodik do rutinní laboratorní praxe a provedení pilotní studie směřující k nalezení kandidátních markerů pro další výzkum a odhad využitelnosti výsledků v klinickém uspořádání.