Proteiny rodiny CSL jsou transkripčními faktory zapojenými v metazoálních organismech do signální dráhy Notch. Zatímco dráha Notch vznikla až v průběhu evoluce živočichů, proteiny rodiny CSL jsou evolučně starší - v nedávné době byly objeveny také v houbových organismech. Jejich schopnost vázat se na DNA je u hub konzervována, jejich funkce je zde zatím objasněna jen částečně. Naše skupina studuje roli CSL faktorů Cbf11 a Cbf12 v poltivé kvasince Schizosaccharomyces pombe. Na úrovni celého genomu jsme technikou ChIP-seq identifikovali lokusy, kam se váží proteiny Cbf11 a Cbf12 in vivo. V tomto projektu nezávisle ověříme, zda se oba proteiny váží na tyto lokusy přímo nebo nepřímo, popř. jaké role proteinů CSL jsou spojeny s přímou a nepřímou vazbou na DNA.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
CSL transcription factors are part of the Notch signalling pathway in metazoans. While the Notch pathway appeared during the evolution of animals, CSL proteins are evolutionarily older and have recently been identified also in fungi. Their ability to bind DNA is conserved but the function of fungal CSL proteins is only partially understood. We study Cbf11 and Cbf12, the fission yeast CSL transcription factors. Using the genome-wide ChIP-seq technique, we have identified loci bound by Cbf11 and/or Cbf12 in vivo. In this project we wil independently test whether both CSL proteins bind to these loci directly or indirectly, and what CSL roles are associated with in/direct binding to DNA.
- zadáno vedoucím/školitelem