Pomocí programu RepeatExplorer budou identifikovány a charakterizovány nejčastější repetice v genomech modelových pavouků, kteří budou reprezentovat hlavní evoluční větve této diverzifikované skupiny členovců. Genomová data pro analýzu budou získána jak z internetových databází (výsledky sekvenačních projektů), tak i shot-gun NGS sekvenací s nízkým pokrytím genomu u vybraných druhů, která bude provedena na zakázku firmou. Uživatelsky přívětivý program RepeatExplorer je nový, silný bioinformatický nástroj pro identifikaci a charakterizaci repetitivní genomove frakce. V porovnání s konvenčními metodami je přístup Repeatexploreru robustnější a rychlejší, v konečném důsledku i levnější. Výstupem RepeatExploreru budou asemblované konsenzuální sekvence repetic ve studovaných genomech. Následně budou navrženy primery a amplifikovány sondy pro in situ lokalizaci vybraných repetitivních elementů na chromozomových preparátech modelových druhů. Programem Repeatexplorer mohou být dále kvantifikovány rozdíly v zastoupení různých typů repetitivnich elementů mezi zástupci hlavních evolučních větví pavouků. Hlavní pozornost bude věnována detekci repetic na pohlavních chromozomech a telomerách. Informace o těchto repeticích mohou být důležité pro objasnění evoluce těchto genomových struktur. Pavouci se vyznačují velmi neobvyklým typem chromozomového určení pohlaví, jehož vznik nebyl dosud vysvětlen. Podobně nebyl dosud identifikován motiv terminálních telomerických repetic u pavouků, jedná se patrně o nestandardní sekvenci. Diplomová práce bude vypracována v úzké spolupráci s renomovaným pracovištěm na přírodovědecké fakultě brněnské univerzity, zaměřeném na evoluci telomerických repetic.
