Sestřihové snRNP částice jsou základními stavebními prvky sestřihového komplexu, který katalyzuje pre-mRNA sestřih. snRNP částice jsou komplexy krátké (<200nt) snRNA a 10-15 bílkovin. Skládání těchto částic je relativně komplikovaný proces s mnoha postupnými kroky. V této práci se budeme zabývat jednotlivými kroky formování snRNP částice a sledovat, co se stane s chybně složenými částicemi. Hlavním cílem je odhalit molekulární mechanismy, které buňky používají na kontrolu kvality a odstranění špatných snRNP částic. Metodicky se bude práce opírat o klasické buněčně biologické přístupy (imunocytochemie, in-situ hybridizace, mikroinjekce) a kombinovat je s molekulárně biologickými technikami (in-vitro syntéza a cílená mutageneze snRNA, RNA imunoprecipitace a pod.).
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Spliceosomal snRNP particles are basic building blocks of the spliceosome, which catalyzes pre-mRNA splicing. snRNPs themselves are complexes of short (<200nt) nuclear RNA and 10-15 proteins. Formation of these particles is a complex process that involves many steps. In this project we will map individual steps of snRNP assembly and analyze what happens with misassembled complexes. The main aim is to reveal molecular mechanisms responsible for surveillance snRNP formation and clearance of misassembled particles. We will combine cell biology approaches (immunocytochemistry, in-situ hybridization, microinjection) with molecular biology techniques (in-vitro synthesis and targeted mutagenesis of snRNAs, RNA immunoprecipitation etc.).
- zadáno vedoucím/školitelem