Comparison of Approaches for Querying of Chemical Compounds
| Název práce v češtině: | Porovnání přístupů k dotazování chemických sloučenin |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Comparison of Approaches for Querying of Chemical Compounds |
| Klíčová slova: | Chemická databáze, Chemické sloučeniny, Benchmark, Hledání podgrafů, Grafová databáze, Izomorfismus podgrafů |
| Klíčová slova anglicky: | Chemical database, Chemical Compounds, Benchmark, Subgraph querying, Graph database, Subgraph isomorphism |
| Akademický rok vypsání: | 2015/2016 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | angličtina |
| Ústav: | Katedra softwarového inženýrství (32-KSI) |
| Vedoucí / školitel: | doc. RNDr. Irena Holubová, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 12.04.2016 |
| Datum zadání: | 26.04.2017 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 02.05.2017 |
| Datum a čas obhajoby: | 17.06.2019 09:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 10.05.2019 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 10.05.2019 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 17.06.2019 |
| Oponenti: | prof. RNDr. Jaroslav Pokorný, CSc. |
| Konzultanti: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| Chemical compounds represent a unique type of a graph data set with a specific exploitation and querying. Currently there exist various approaches for storing and querying chemical compounds. They can be represented as general graphs or specific strings (e.g., in the SMILES format), queried using specific languages (e.g., the SMARTS language), indexed using specific indexes (e.g., GString) etc. The aim of the thesis is to describe, discuss and, in particular, experimentally compare the existing approaches for efficient storing and querying chemical compounds, including NoSQL graph databases and relational databases. |
| Seznam odborné literatury |
| Holubová, I. - Kosek, J. - Minařík, K. - Novák, D.: Big Data a NoSQL databáze. Grada, Praha, Česká republika, říjen 2015. ISBN 978-80-247-5466-6. [http://www.ksi.mff.cuni.cz/bigdata/]
PubChem http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ ZINC http://zinc.docking.org/ ChEMBL https://www.ebi.ac.uk/chembl/ SMILES - A Simplified Chemical Language. http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html SMARTS - A Language for Describing Molecular Patterns. http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html Haoliang Jiang, Haixun Wang, Shuigeng Zhou: GString: A Novel Approach for Efficient Search in Graph Databases http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=4221705 Sherif Sakr - Eric Pardede: Graph Data Management: Techniques and Applications Vojtech Šípek: Vizuální dotazování v chemických databázích pomocí SMARTS vzorů. Bakalářská práce. MFF UK, 2014. |