Strukturně- a sekvenčně-závislá identifikace funkčně významných aminokyselin v proteinové rodině.

• Název práce v češtině: Strukturně- a sekvenčně-závislá identifikace funkčně významných aminokyselin v proteinové rodině.
• Název v anglickém jazyce: Structure- and sequence-based identification of functionally important amino acids in a protein family
• Klíčová slova: Malé GTPázy, Rho, Ras, Rab, Ran, Arf, PDB, Uniprot, MSA, Consurf, Sca5, P2RANK, konzervovanost, variabilita, ligand
• Klíčová slova anglicky: Small GTPases, Rho, Ras, Rab, Ran, Arf, PDB, Uniprot, MSA, Consurf, Sca5, P2RANK, conserved, variability, ligand
• Akademický rok vypsání: 2013/2014
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 26.11.2013
• Datum zadání: 26.11.2013
• Datum odevzdání elektronické podoby: 11.08.2015
• Datum proběhlé obhajoby: 16.09.2015
• Oponenti: Ing. Roman Pleskot, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Práce bude navazovat na téma mapování funkční divergence malých gtpáz, které sledujeme už delší dobu. Studentka bude nejprve sbírat sekvenční a strukturní data z celého spektra eukaryotických organismů. Tato data budou podkladem pro strukturní a sekvenční metody, které budou identifikovat významné pozice a aminokyselin v jednotlivých rodinách malých GTPáz. Práce bude oproti předchozím pracem rozšířena o in-silco predikci vazbných míst a korelaci těchto dat s daty sekvenčními.