Interaction preferences in protein - DNA complexes
| Název práce v češtině: | Interakční preference v komplexech protein - DNA. |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Interaction preferences in protein - DNA complexes |
| Klíčová slova: | mezimolekulové interakce, bioinformatické metody, molekulové modelování, analýza struktury biomolekul, selektivita a specificita, interakční energie, elektrostatické potenciály |
| Klíčová slova anglicky: | intermolecular interactions, bioinformatic methods, molecular modelling, structural analysis of biomolecules, selectivity and specificity, interaction energy, electrostatic potentials |
| Akademický rok vypsání: | 2013/2014 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | angličtina |
| Ústav: | Katedra biochemie (31-250) |
| Vedoucí / školitel: | prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem |
| Datum přihlášení: | 27.11.2013 |
| Datum zadání: | 29.11.2013 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 08.05.2015 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 27.05.2015 |
| Oponenti: | doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D. |
| Předběžná náplň práce |
| Analýza strukturních komplexů protein - nukleová kyselina z databází PDB a NPIDB. Konstrukce kontaktních potenciálů mezi stavebními bloky biomolekul na základě statistických a preferenčních analýz použitých databází. Srovnání preferencí kontaktů pro aminokyseliny v komplexech protein - nukleová kyselina. Srovnání výsledků empirických metod s kvantově-chemickými výpočty. Výpočty a analýza map elektrostatických potenciálů pro vybrané molekuly a molekulové komplexy. |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| Analysis of protein - nucleic acid complexes in PDB and NPIDB databases. Construction of contact potentials at the resolution of biomolecular building blocks by statistical and preferential analyses of the databases. Comparison of amino acid contact preferences in protein - DNA complexes. Comparison of the results provided by empirical methods and quantum-chemical calculations. Calculation and analysis of electrostatic potential maps for selected molecules and molecular complexes. |