Segmentation of cells from microscopic images

• Název práce v češtině: Segmentace buněk z mikroskopických snímků
• Název v anglickém jazyce: Segmentation of cells from microscopic images
• Klíčová slova: segmentace buněk, mikroskopie na bázi fázového kontrastu, analýza medicínskych snímků
• Klíčová slova anglicky: cells segmentation, phase contrast microscopy, medical image analysis
• Akademický rok vypsání: 2013/2014
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra softwaru a výuky informatiky (32-KSVI)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Jindřich Soukup
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 21.11.2013
• Datum zadání: 22.11.2013
• Datum potvrzení stud. oddělením: 06.12.2013
• Datum a čas obhajoby: 04.09.2014 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 31.07.2014
• Datum odevzdání tištěné podoby: 31.07.2014
• Datum proběhlé obhajoby: 04.09.2014
• Oponenti: RNDr. Jan Blažek, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Student se seznámí s mikroskopem na principu fázového kontrastu a s mikroskopickými snímky buněk pořízenými tímto typem mikroskopu. Seznámí se se základními segmentačními metodami ve zpracování obrazu. Vybere a modifikuje některou segmentační metodu (či vyvine svou vlastní) tak, aby byla schopna segmentovat jednotlivé buňky ze snímků pořízených mikroskopem na principu fázového kontrastu. Tuto metodu implementuje a vytvoří vhodné uživatelské rozhraní. Ověří přesnost segmentace porovnáním s manuální segmentací provedenou specialisty v daném oboru.

Seznam odborné literatury

Microscope Image Processing - Qiang Wu, Fatima Merchant, Kenneth Castleman, Academic Press, 2010.
Digital image processing - William K. Pratt, Wiley-Interscience, 4th edition, 2007.
Digital Image Processing - Rafael C. Gonzalez, Richard E. Woods, Prentice Hall, 3rd edition, 2007.