Morphological and molecular diversity of the free-living representatives of the family Metopidae and the discovery of a new lineage of anaerobic ciliates

• Název práce v češtině: Morfologická a molekulární diverzita volně žijících zástupců čeledi Metopidae a objev nové linie anaerobních nálevníků
• Název v anglickém jazyce: Morphological and molecular diversity of the free-living representatives of the family Metopidae and the discovery of a new lineage of anaerobic ciliates
• Akademický rok vypsání: 2013/2014
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra zoologie (31-170)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Ivan Čepička, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem
• Datum přihlášení: 12.11.2013
• Datum zadání: 15.01.2014
• Datum odevzdání elektronické podoby: 04.05.2015
• Datum proběhlé obhajoby: 08.06.2015
• Oponenti: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Na PřF UK jsou k dispozici kultury obsahující zástupce třídy Armophorea. Z těchto nálevníků bude určena sekvence SSU rDNA a bude charakterizována světelně-mikroskopická morfologie. Získaná sekvenční data budou použita pro tvorbu fylogenetických stromů. Budou navrženy PCR primery specifické pro třídu Armophorea a budou následně použity pro environmentální identifikaci těchto nálevníků ve vzorcích sladkovodních sedimentů. Práce se bude věnovat i dvěma nově objeveným hlubokým liniím anaerobních nálevníků (izoláty LARNAKA a MURANO). Kromě získání morfologických dat bude u těchto nových nálevníků studována i ultrastruktura pomocí transmisního elektronového mikroskopu.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Collection of cultures of anaerobic protists at the Faculty of Science, Charles University in Prague, contains multiple cultures of armophorid ciliates. SSU rDNA sequences of these organisms will be determined and phylogenetic trees will be constructed. In addition, light-microscopic morphology will be studied. PCR primers specific for the Armophorea will be designed and used for detection of armophorids in freshwater samples of hypoxic sediments. The project will be focused also on two newly discovered deep branches of anaerobic ciliates (strains LARNAKA and MURANO). In addition to morphological data, ultrastructure of these novel ciliates will be studied by means of transmission electron microscopy.