Studium genové exprese faktorů signální dráhy oxysterolů u pacientek s karcinomem prsu

• Název práce v češtině: Studium genové exprese faktorů signální dráhy oxysterolů u pacientek s karcinomem prsu
• Název v anglickém jazyce: Gene expression study of oxysterol signal pathway in breast cancer patients
• Klíčová slova: karcinom prsu, hormonální terapie, rezistence, estrogenový receptor, oxysteroly
• Klíčová slova anglicky: breast cancer, hormonal therapy, resistance, estrogen receptor, oxysterols
• Akademický rok vypsání: 2013/2014
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: doc. RNDr. Pavel Souček, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 16.10.2013
• Datum zadání: 17.12.2013
• Datum odevzdání elektronické podoby: 02.05.2015
• Datum proběhlé obhajoby: 09.06.2015
• Oponenti: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Karcinom prsu je nejčastějším nádorovým onemocněním u žen a jen v ČR tomuto onemocnění podlehne více než 1500 žen ročně. Náklady na terapii pacientek jsou extrémně vysoké a kromě prevence a skríninku ohrožené populace je další cestou ke snižování mortality poznávání faktorů účinnosti léčby. Více než polovina pacientek je léčena hormonálními režimy, které interagují s expresí estrogenních receptorů. Řada pacientek však tuto léčbu špatně snáší nebo dokonce u nich dochází k návratu onemocnění. Příčiny nejsou známé a z tohoto důvodu je třeba se jejich studiu věnovat.
Hlavním úkolem diplomové práce bude studium genové exprese a genetické variability faktorů signální dráhy oxysterolů (metabolity cholesterolu), estrogenních receptorů a vazebného místa pro antiestrogeny (AEBS) ve vzorcích nádorových a nenádorových tkání pacientek s karcinomem prsu. V tkáňových vzorcích budou stanoveny hladiny transkriptů oxysterolové dráhy včetně komponent signálních, metabolických a transportních systému. Tyto markery budou korelovány s klinickými daty a výsledkem hormonální terapie pacientek. Dalším úkolem studia bude prostudovat případnou souvislost fenotypu korelujících biomarkerů s genotypem analýzou funkčně významných polymorfismů nebo haplotypů funkčních domén v DNA z krve pacientek.
Budou využity metody PCR v reálném čase: 1/ nízkodenzní profilování (Low density arrays - LDA) s relativní kvantifikací rozdílů mezi nádorovou a zdravou kontrolní tkání pacientek s odlišnou reakcí na léčbu, 2/ qPCR s absolutní kvantifikací kandidátních genů identifikovaných pomocí LDA a 3/ genotypové a haplotypové analýzy kandidátních genů (alelická diskriminace, DNA sekvenování a vysokorozlišující analýza tání – HRM). K hodnocení vztahů mezi genotypem a fenotypem sledovaných faktorů a souvislostí s klinickými daty budou použity základní statistické metody, např.: parametrické testy ANOVA, Fisherův test nebo T-test a neparametrické testy Kruskall-Wallis, Mann-Whitney nebo Spearmanův korelační test podle distribuce dat.
Motivem práce je zavedení metodik do rutinní laboratorní praxe a provedení pilotní studie směřující k nalezení kandidátních markerů pro další výzkum a odhad využitelnosti výsledků v klinickém uspořádání.
Studie bude financována z grantu GAČR č. 13-25222J, který je udělen na roky 2013-2015.