Rekonstrukce morfologické evoluce a fylogenetických vztahů šupinatých chrysomonád rodu Mallomonas

• Název práce v češtině: Rekonstrukce morfologické evoluce a fylogenetických vztahů šupinatých chrysomonád rodu Mallomonas
• Název v anglickém jazyce: Reconstructing the evolution and fylogenetic relationships of silica-scaled chrysophyte genus Mallomonas
• Klíčová slova: fylogeneze, morfologie, evoluce, zlativky
• Klíčová slova anglicky: phylogeny, morphology, evolution, chrysophytes
• Akademický rok vypsání: 2013/2014
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra botaniky (31-120)
• Vedoucí / školitel: doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 08.10.2013
• Datum zadání: 22.12.2013
• Datum odevzdání elektronické podoby: 14.08.2015
• Datum proběhlé obhajoby: 15.09.2015
• Oponenti: Mgr. Eliška Záveská, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Základní data
· Rod Mallomonas představuje běžně se vyskytující a druhově velmi bohatý rod zlativek (v současnosti je popsáno okolo 180 druhů)
· Taxonomie rodu je založena na morfologii křemičitých šupin, pozorovaných v elektronovém mikroskopu
· Molekulární data jsou známa pouze u 28 z přibližně 190 popsaných druhů. Ty navíc v naprosté většině pocházejí z kmenů izolovaných v JV Asii

Cíle práce
· Zpřesnit naše představy o evoluci rodu Mallomonas získáním molekulárních dat z dosud nenasekvenovaných druhů
· Porovnat genetickou uniformitu Evropských a Asijských izolátů stejných, morfologicky definovaných druhů (tj., test robustnosti druhového konceptu)
· Časově nakalibrovat evoluční historii rodu analýzou publikovaných fosilních dat
· Studovat evoluci tvaru šupin, časově nakalibrovat hlavní morfologické transformace v evoluční historii rodu
· Posoudit míru kryptické diverzity posouzením genetické variability druhu M. caudata

Metodika
· Sběr vzorků a izolace kmenů z lokalit ve střední Evropě (preferenčně ČR)
· Izolace DNA, sekvenování SSU rDNA, rbcL a LSU rDNA u nově izolovaných druhů
· Single-cell PCR markeru ITS rDNA u environmentálních kmeů druhu M. caudata
· Multigenové fylogenetické analýzy (MrBayes, Garli, PAUP, BEAST)
· Mapování evoluce tvaru (R, BayesTraits, Mesquite, TreeGradients)