Prediction of ligand binding sites from protein structure
| Název práce v češtině: | Predikce vazebních míst pro ligandy z proteinové struktury |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Prediction of ligand binding sites from protein structure |
| Klíčová slova: | bioinformatika|cheminformatika|chemický prostor|protein|protein-ligand interakce |
| Klíčová slova anglicky: | bioinformatics|cheminformatics|chemical space|protein|protein-ligand interaction |
| Akademický rok vypsání: | 2012/2013 |
| Typ práce: | disertační práce |
| Jazyk práce: | angličtina |
| Ústav: | Katedra softwarového inženýrství (32-KSI) |
| Vedoucí / školitel: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 27.09.2013 |
| Datum zadání: | 27.09.2013 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 22.01.2014 |
| Datum a čas obhajoby: | 31.03.2023 12:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 13.03.2023 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 14.03.2023 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 31.03.2023 |
| Oponenti: | doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D. |
| prof. Jan Brezovský | |
| Zásady pro vypracování |
| Cílem práce je výzkum a propojení technik zabývajících se vazebnými místy proteinů. Většina biologické aktivity se děje právě v místech, kde se protein váže k dalším molekulám a tím je inhibována nebo naopak aktivována jeho funkce. Výzkum metod vázajících se k vazebným místům zahrnuje algoritmy pro identifikaci vazebných míst, určování jejich podobnosti, stejně jako identifikace molekul, které se do takovýchto míst můžou vázat. V zásadě existují dvě třídy algoritmů - algoritmy zaměřené na přístup z pohledu proteinu a jeho vazebného místa (prostor proteinů) a algoritmy zaměřené na přístup z pohledu vazebných molekul (chemický prostor). Cílem práce je studium těchto přístupů, identifikace vazeb mezi oběma světy a implementace metod tyto vazby využívající. |
| Seznam odborné literatury |
| [1] Liljas, A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009
[2] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010 [3] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 [4] Johann Gasteiger, Thomas Engel: Chemoinformatics: A Textbook, Wiley, 2003 |