Měření vnitrobuněčné koncentrace iontů v mikroorganismech
| Název práce v češtině: | Měření vnitrobuněčné koncentrace iontů v mikroorganismech |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | The monitoring of intracellular ion concentrations in microbial cells |
| Klíčová slova: | fluorescence, zelený fluorescenční protein, pHluorin, synchronně skenovaná fluorescence, cytosolické pH |
| Klíčová slova anglicky: | fluorescence, green fluorescent protein, pHluorin, synchronous fluorescence scan, cytosolic pH |
| Akademický rok vypsání: | 2012/2013 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Fyzikální ústav UK (32-FUUK) |
| Vedoucí / školitel: | prof. RNDr. Jaromír Plášek, CSc. |
| Řešitel: | RNDr. Adéla Melcrová, Ph.D. - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 08.11.2012 |
| Datum zadání: | 08.11.2012 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 18.01.2013 |
| Datum a čas obhajoby: | 28.05.2013 00:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 10.04.2013 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 12.04.2013 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 28.05.2013 |
| Oponenti: | RNDr. Jan Krůšek, CSc. |
| Konzultanti: | doc. RNDr. Dana Gášková, CSc. |
| Zásady pro vypracování |
| 1. Osvojit si základní techniky práce v mikrobiologické laboratoři, kultivaci bakterií a kvasinek a základní principy fluorescenční spektroskopie.
2. Vypracovat stručný přehled fluorescenčních sond použitelných pro měření vnitrobuněčné koncentrace iontů a zhodnotit jejich použitelnost pro měření v mikrobiálních buňkách s důrazem na využití fluorescenčních sond a fluorescenčních proteinů při měření vnitrobuněčného pH. 3. Provést literární rešerši současného stavu znalostí fotofyzikálních charakteristik fluorescence GFP, zejména pHluorinu, zaměřenou na a) energetické schema elektronově-vibračních hladin fluorochromu GFP včetně jejich závislosti na pH v okolí fluorochromu, b) povolené optické přechody a jejich odraz v excitačních a emisních spektrech fluorescence, včetně fluorescence polarizované, c) jevy ovlivňující kvantový výtěžek fluorescence GFP. 3. Provést literární rešerši týkající se známých metod separace fluorescence GFP od autofluorescence buněk jak při kalibraci, tak při měření vnitrobuněčného pH. 4. Experimentálně otestovat možnost využití synchronně skenované fluorescence a spektrálních rozkladů při korekci spekter fluorescence GFP měřené v buňkách vykazujících autofluorescenci. 5. Provést sérii měření změn vnitrobuněčného pH kvasinek v experimentech sledujících depolarizaci buněk vyvolanou změnami pH suspenze. 6. Provést sérii měření změn vnitrobuněčného pH kvasinek v experimentech sledujících depolarizaci buněk vyvolanou změnami KCl v suspenzích. |
| Seznam odborné literatury |
| Molecular Probes Handbook - A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Technologies, 11th Edition, 2010
Miyawaki,A.; Griesbeck,O.; Heim,R.; Tsien,R.Y.: Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 96 (1999):2135-2140. Tsien, R.Y.: The green fluorescent protein. Annu. Rev. Biochem. 67 (1998): 509-544. Feldmann, H. (2010) Yeast: Molecular and Cell Biology. J. Wiley & Sons, 2010. Lakowicz, J. R. (1999) Principles of fluorescence spectroscopy, 2nd edition, Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York Vo-Dinh, T. (1981) Synchronous excitation spectroscopy, in Modern Fluorescence Spectroscopy, Vol. 4 (E.C. Wehry, Ed.), Plenum Press, New York, pp. 167-192. Další časopisecká literatura dle pokynů vedoucího |