Factors interacting with bacterial RNA polymerase and their effect on the regulation of transcription initiation

• Název práce v češtině: Faktory interagující s bakteriální RNA polymerázou a jejich vliv na regulaci iniciace transkripce
• Název v anglickém jazyce: Factors interacting with bacterial RNA polymerase and their effect on the regulation of transcription initiation
• Klíčová slova: RNA polymeráza, transkripce, sigma faktor, promotor
• Klíčová slova anglicky: RNA polymerase, transcription, sigma factor, promoter
• Akademický rok vypsání: 2012/2013
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: doc. Mgr. Libor Krásný, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 15.10.2012
• Datum zadání: 15.10.2012
• Datum a čas obhajoby: 26.03.2019 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 12.12.2018
• Datum proběhlé obhajoby: 26.03.2019
• Oponenti: RNDr. Irena Lichá, CSc.

Předběžná náplň práce

Bakterie se musí umět adaptovat na změny prostředí pokud mají přežít. Tyto adaptace jsou podmíněné změnami genové exprese. Klíčovou úrovní genové exprese je transkripce DNA do RNA enzymem RNA polymeráza (RNAP). RNAP je několika podjednotkový enzym složený z dimeru podjednotek alfa, který drží podjednotky beta a beta´, které tvoří katalytické jádro schopné elongace ale nikoli iniciace transkripce. Pro iniciaci je nutný faktor sigma. Těchto faktorů může být v buňce řada. U modelové gram pozitivní bakterie se vyskytuje 18 sigma faktorů. Důkladně byl zkoumán pouze hlavní vegetativní faktor SigA. Informace o ostatních faktorech jsou sporé. Hlavní náplní studia bude charakterizace transkripce RNAP alternativními sigma faktory. Výsledky budou porovnány s modelovým SigA. Bude studována kinetika iniciace transkripce a sekvenční specifita a rovněž i aktivita v buňce. Paralelně, ve spolupráci se strukturními biology, budou řešeny 3D struktury vybraných faktorů. Shrnuto, výsledkem bude nová informace o transkripčním aparátu a jeho diverzitě. Vedlejším projektem bude hledání nových antibakteriálních látek a charakterizace účinku jejich mechanismu.