Algorithms for protein-ligand binding site discovery
| Název práce v češtině: | Algoritmy pro detekci vazebních míst u protein-ligand interakcí |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Algorithms for protein-ligand binding site discovery |
| Klíčová slova: | Strukturální Bioinformatika, Vazební místa pro Ligandy, Strojové učení |
| Klíčová slova anglicky: | Structural Bioinformatics, Protein-ligand binding sites, Machine learning |
| Akademický rok vypsání: | 2012/2013 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | angličtina |
| Ústav: | Katedra teoretické informatiky a matematické logiky (32-KTIML) |
| Vedoucí / školitel: | Mgr. Roman Neruda, CSc. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 31.08.2012 |
| Datum zadání: | 31.10.2012 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 29.01.2013 |
| Datum a čas obhajoby: | 10.09.2013 00:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 02.08.2013 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 02.08.2013 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 10.09.2013 |
| Oponenti: | RNDr. František Mráz, CSc. |
| Konzultanti: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| Virtually all processes in living organisms are conducted by proteins. Proteins perform their function by binding to other proteins (protein-protein interactions) or small molecules - so called ligands (protein-ligand interactions). Active sites for protein-ligand interactions are pockets in protein structure where ligand can bind. In this thesis we will look into possibility of application of artificial intelligence methods to improve current algorithms for pocket detection and characterization. The student will get familiar with current approaches and will propose his own ones,which will be compared with existing solutions. The thesis will most likely build on existing representation of protein pockets that will be used within a new algorithm. |
| Seznam odborné literatury |
| [1] Structural Bioinformatics, 2nd ed. , Jenny Gu, Philip E. Bourne http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-1118210565.html
[2] Intelligent Bioinformatics: The Application of Artificial Intelligence Techniques to Bioinformatics Problems, Edward Keedwell, Ajit Narayanan http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-0470021756.html [3] From Protein Structure to Function with Bioinformatics, Daniel John Rigden (Ed.) http://www.springer.com/biomed/book/978-1-4020-9057-8 [4] Beyond structural genomics: computational approaches for the identification of ligand binding sites in protein structures., Ghersi D, Sanchez R. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21537951 [5] Druggable pockets and binding site centric chemical space: a paradigm shift in drug discovery., Pérot S, Sperandio O, Miteva MA, Camproux AC, Villoutreix BO. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21537951 |