Existují sekvenční determinanty funkční divergence GTPáz?

• Název práce v češtině: Existují sekvenční determinanty funkční divergence GTPáz?
• Název v anglickém jazyce: Are there any sequence determinants of functional divergence of GTPases?
• Klíčová slova: Malé GTPázy, B-faktory, ConSurf, Sca5
• Klíčová slova anglicky: Small GTPases, B-factors, ConSurf, Sca5
• Akademický rok vypsání: 2011/2012
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 10.11.2011
• Datum zadání: 15.01.2012
• Datum odevzdání elektronické podoby: 14.08.2013
• Datum proběhlé obhajoby: 18.09.2013
• Oponenti: Ing. Martin Potocký, Ph.D.

Předběžná náplň práce

GTPázy tvoří přes dvacet proteinových rodin v supertřídě P-loop GTPáz. Účastní se celé řady funkčně odlišných biologických procesů (translace, přenos signálu, buněčného pohybu, intracelulárního transportu a dalších). Jedná se převážně o eukaryotické proteiny, ale vyskytují se i u prokaryot. Navzdory dlouhému studiu jednotlivých rodin nebylo dosud systematicky studováno, která část sekvence (struktury) zajišťuje jejich funkční divergenci.
Cílem našeho projektu bude zjistit, zda současné rozdělení GTPáz do jednotlivých rodin odpovídá jejich strukturním odlišnostem a jaké části sekvence (a struktury) mohou za jejich funkční různorodost. Očekávaným výsledkem pak bude hlubší porozumění strukturním odlišnostem GTPáz, což může být následně využito při cílených modifikacích těchto proteinů a lepšímu porozumění jejich funkci.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

GTPases are divided into more than 20 protein families in a superclass of P-loop GTPases. They participate in many functionally different biological processes (translation, signal transfer, cell movement, intracellular transport etc.). They are mainly eukaryotic proteins but can be found in prokaryotes. Despite a long study of individual families it has not been systematically observed which part of the sequence (structure) contains the functional divergence.
The aim of our project will be to determine whether the current distribution of GTPases in the individual families corresponds to their structural differences, and what part of the sequence (structure) causes their functional diversity. The expected result will be a deeper understanding of the structural differences of GTPases, which can then be used for targeted modifications of these proteins and for better understanding of their function.