Změny RNA polynukleotidu v průběhu DSC měření
| Název práce v češtině: | Změny RNA polynukleotidu v průběhu DSC měření |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | RNA polynucleotide changeover in the course of DSC measurement |
| Klíčová slova: | RNA, polynukleotid, DSC |
| Klíčová slova anglicky: | RNA, polynucleotide, DSC |
| Akademický rok vypsání: | 2011/2012 |
| Typ práce: | bakalářská práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Fyzikální ústav UK (32-FUUK) |
| Vedoucí / školitel: | prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc. |
| Řešitel: | |
| Konzultanti: | Mgr. Pavla Pečínková |
| Zásady pro vypracování |
| Rešení práce bude vyžadovat splnení následujících dílčích úkolů:
1. Seznámit se s základními principy diferenční skenovací kalorimetrie. 2. Obeznámit se s konstrukcí a obsluhou DSC mikrokalorimetru a UV spektrometru. 3. Vypracovat přehled dosavadních měření nukleových kyselin na zařízení v laboratoři, kde bylo zjištěno výrazné ubývání signálu během cyklů kalorimetru. 4. Provést série DSC měření na určených polynukleotidech za různých podmínek a charakterizovat vzorek po pobytu v kalorimetru pomocí dalších metod (UV absorpce). 5. Analyzovat získané výsledky a interpretovat je s ohledem na možné hypotézy původu studovaného jevu. |
| Seznam odborné literatury |
| 1. W. Saenger: Principles of nucleic acid structure. Springer, New York 1984
2. M.G. Gore: Spectrophotometry and spectrofluorimetry. Oxford Univ.Press, New York 2000 3. P. Ottová: Mikrokalorimetrické studium termodynamické stability hybridních komplexů nukleových kyselin. Diplomová práce, MFF UK, Praha 2009 4. M. Říhová: Mikrokalorimetrické stanovení termodynamické stability triplexu RNA. Bakalářská práce, MFF UK, Praha 2008 |
| Předběžná náplň práce |
| Metoda diferenciální skenovací kalorimetrie (DSC) umožňuje obecně získání přesných
hodnot termodynamických parametrů spojených se strukturními přechody nebo s tvorbou komplexů u biomolekul. Při prvních aplikacích této metody na polyadenylovou kyselinu (poly A), významný molekulární model pro studium fyzikálně-chemických vlastností RNA, bylo zjištěno, že během teplotních cyklů dochází k výraznému úbytku signálu. Tento jev se dramaticky zesiluje po přidání hořčíkových iontů do roztoku. Náplní práce je provést série DSC měření na určených polynukleotidech za různých podmínek a charakterizovat vzorek po pobytu v kalorimetru pomocí dalších metod (UV absorpce). Cílem je potvrdit či vyvrátit jednotlivé hypotézy o původu tohoto jevu (hydrolýza, nevratná kondenzace řetězců, adsorpce na stěny kyvety kalorimetru). |