Simulation of processes in cellular membranes
| Název práce v češtině: | Simulace procesů v buněčných membránách |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Simulation of processes in cellular membranes |
| Klíčová slova: | orientace fluorescenčních sond, lineární dichroismus, dipólový moment přechodu, molekulární dynamika |
| Klíčová slova anglicky: | orientation of fluorescent probes, linear dichroism, transition dipole moment, molecular dynamics |
| Akademický rok vypsání: | 2011/2012 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | angličtina |
| Ústav: | Katedra chemické fyziky a optiky (32-KCHFO) |
| Vedoucí / školitel: | prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 21.09.2011 |
| Datum zadání: | 09.02.2012 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 16.02.2012 |
| Datum a čas obhajoby: | 28.05.2013 00:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 11.04.2013 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 12.04.2013 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 28.05.2013 |
| Oponenti: | doc. Dr. rer. nat. Jiří Pittner, DSc. |
| Zásady pro vypracování |
| 1.Prostudování určené literatury:
a)simulace molekulové dynamiky b)ab-initio výpočty c)biofyzika membránových systémů 2.Sepsání rešerše 3.Osvojení základních metodik molekulárně-dynamických simulací a ab-initio výpočtů, použití a vývoj algoritmů pro grafickou analýzu výsledků simulací 4.Praktické zvládnutí práce s programy GROMACS, AMBER, GAUSSIAN, DALTON 5.Molekulárně-dynamické simulace fluorescenční molekuly ukotvené ve fosfolipidové membráně 6.Ab-initio výpočty jedno- a dvoufotonové absorpce a fluorescence molekuly z bodu 5) 7.Diskuze výsledků ve vztahu k experimentům fluorescenční mikroskopie a sepsání diplomové práce |
| Seznam odborné literatury |
| 1.D. Chandler: Introduction to Modern Statistical Mechanics, Oxford University Press 1987
2.C. J. Cramer: Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models, Wiley 2002 3.M. P. Allen, D. J. Tildesley: Computer Simulation of Liquids, Oxford University Press 1987 4.D. P. Craig, T. Thirunamachandran, Molecular Quantum Electrodynamics: An Introduction to Radiation-Molecule Interactions, Courier Dover Publications 1998 5.B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, and Peter Walter: Molecular Biology of the Cell, Garland Science 2002 |