Vícenásobná podobnost RNA struktur

• Název práce v češtině: Vícenásobná podobnost RNA struktur
• Název v anglickém jazyce: Multiple RNA Structure Similarity
• Klíčová slova: RNA, struktura, podobnost
• Klíčová slova anglicky: RNA, structure, similarity
• Akademický rok vypsání: 2011/2012
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra softwarového inženýrství (32-KSI)
• Vedoucí / školitel: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 20.10.2011
• Datum zadání: 20.10.2011
• Datum potvrzení stud. oddělením: 01.12.2011
• Datum a čas obhajoby: 27.05.2013 09:30
• Datum odevzdání elektronické podoby: 12.04.2013
• Datum odevzdání tištěné podoby: 12.04.2013
• Datum proběhlé obhajoby: 27.05.2013
• Oponenti: Ing. Jiří Novák, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Práce bude vycházet z metody popsané v článku "SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm". Algoritmus SETTER je určen k porovnání 3D struktur RNA, které lze chápat jako uspořádanou množinu 3D souřadnic, kde každá souřadnice odpovídá jednomu nukleotidu. Mezi nukleotidy navíc existuje párování podobně, jako je tomu u DNA. Princip SETTERu spočívá v rozdělení množiny nukleotidů v porovnávaných strukturách na specifické podmnožiny a dvojicím těchto podmnožin pak přiřazovat podobnosti. SETTER v původní verzi umí porovnávat pouze dvojice RNA, nicméně mnoho reálných aplikací vyžaduje přiřazení podobnosti n-tici RNA struktur. Takovéto rozšíření je náplní diplomové práce.

Seznam odborné literatury

[1] D. Hoksza, D.Svozil. SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm. ISBRA 2011, Central South University, China, ISBN 978-3-642-21259-8, pp. 37-49, LNBI 6674, Springer.
[2] Jones N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004
[3] Liljas A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009