Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)
Přednáška začíná klasifikací cytometrických metod. Dále bude uvedena průtoková cytometrie včetně historie a měřitelných parametrů. Bude vysvětlena konstrukce přístrojů a aplikační možnosti. Přednáška zahrnuje příklady aplikací průtokové cytometrie při analýze chromozomů, analýze protoplastů chloroplastů, genové expresi, studiu fytoplanktonu a aplikaci při fytopatologii. Využití při odhadu DNA obsahu jader, určení ploidie, odhadu velikosti genomu, identifikaci mezidruhových hybridů, detekce aneuploidů, určení způsobu reprodukce a urovně endoreduplikace. Závěrem bude pojednáno využití cytometrie v biomedicínském výzkumu, včetně kinetiky buněčného cyklu, detekce apoptózy, potenciálu mitochondriálních membrán a fluorescenčního rezonančního přenosu energie.
Student po skončení kurzu by měl :
- rozumět principům průtokové cytometrie
- mít základní znalosti o funkci přístrojů
- být obeznámen s aplikací průtokové cytometrie ve vědě o rostlinách
- rozumět použití průtokové cytometrie v biomedicínském výzkumu a klinické praxi
- být schopen posoudit užitečnost metody při řešení určitého problému
- být schopen interpretovat výsledky získané průtokovou cytometrií
- být schopen kriticky hodnotit vědecké publikace
Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)
The course starts with the classification of cytometric techniques. Flow cytometry is introduced, including the history and parameters measurable. Basic components of a flow cytometer are described. Flow sorters and their construction designs, application of flow cytometric sorting. The course includes the examples of application of flow cytometry in chromosome analysis and sorting, analysis of plant protoplast and chloroplasts, gene expression, study of phytoplankton and applications in phytopathology. Estimation of nuclear DNA content, determination of ploidy, estimation of genome size, identification of interspecific hybrids, detection of aneuploids, determination of mode of reproduction and the extent of endoreduplication. Finally, the use of flow cytometry in biomedical research is outlined, including immunophenotyping, cell cycle kinetics, detection of apoptosis, mitochondrial membrane potential and fluorescence resonance energy transfer.
Learning outcomes:
At the end of the course the student is expected to:
- have a thorough understanding of the principles of flow cytometry
- have a fundamental knowledge of the function of individual components of the instrument
- be familiar with the applications of flow cytometry in plant sciences
- understand the use of flow cytometry in biomedical research and clinical practice
- be able to judge the usefulness of the method to solve a particular problem
- be able to interpret the results obtained using flow cytometry
- be able to evaluate critically research papers
Activities:
Lectures will help the students to study the recommended literature. The lectures are mandatory.
Examination:
The exam is organized as a colloquium.
Literatura -
Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)
Doporučená literatura: • DARZYNKIEWICZ, Z., CRISSMAN, H.A. Methods in Cell Biology: Flow Cytometry, Academic Press, San Diego, 1990. • DARZYNKIEWICZ, Z., CRISSMAN, H.A., ROBINSON, J.P Methods in Cell Biology: Cytometry, 3rd Edition, Academic Press, San Diego, 2000. • DARZYNKIEWICZ, Z., HOLDEN, E., ORFAO, A., TELFORD, W.G., WLODKOWIC, D. Methods in Cell Biology: Recent Advances in flow Cytometry, 5th Edition, Academic Press, San Diego, 2011. • DOLEŽEL, J., GREILHUBER, J., SUDA, J. Flow Cytometry with Plant Cells. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, 2007. • ECKSCHLAGER, T. A KOLEKTIV Průtoková cytometrie v klinické praxi. Grada Publishing, Praha, 1999. • GIVAN, A.L. Flow Cytometry: First Principles, Wiley-Liss, New York, 1992. • ROBINSON, J.P., DARZYNKIEWICZ, Z Current Protocols in Cytometry, John Wiley & Sons, New York, 1997. • SHAPIRO, H.M. Practical Flow Cytometry, 4th Edition. John Wiley and Sons, Inc., New York, 2003.
Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (29.10.2019)
• DARZYNKIEWICZ, Z., CRISSMAN, H.A. Methods in Cell Biology: Flow Cytometry, Academic Press, San Diego, 1990. • DARZYNKIEWICZ, Z., CRISSMAN, H.A., ROBINSON, J.P Methods in Cell Biology: Cytometry, 3rd Edition, Academic Press, San Diego, 2000. • DARZYNKIEWICZ, Z., HOLDEN, E., ORFAO, A., TELFORD, W.G., WLODKOWIC, D. Methods in Cell Biology: Recent Advances in flow Cytometry, 5th Edition, Academic Press, San Diego, 2011. • DOLEŽEL, J., GREILHUBER, J., SUDA, J. Flow Cytometry with Plant Cells. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, 2007. • ECKSCHLAGER, T. A KOLEKTIV Průtoková cytometrie v klinické praxi. Grada Publishing, Praha, 1999. • GIVAN, A.L. Flow Cytometry: First Principles, Wiley-Liss, New York, 1992. • ROBINSON, J.P., DARZYNKIEWICZ, Z Current Protocols in Cytometry, John Wiley & Sons, New York, 1997. • SHAPIRO, H.M. Practical Flow Cytometry, 4th Edition. John Wiley and Sons, Inc., New York, 2003.
Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)
ústní zkouška
Sylabus
Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)
Sylabus
Klasifikace cytometrických technik, cytomika. Průtoková cytometrie, historie, parametry měřitelné pomocí průtokové cytometrie, základní části průtokového cytometru. Fluidika, laminární proudění, průtoková komůrka, hydrodynamická fokusace. Třídění pomocí cytometru a používaná konstrukční řešení, aplikace třídění pomocí cytometrie. Zdroje světla, rtuťové výbojky a lasery, optické filtry. Detekce světelných pulzů, fotodiody a fotonásobiče, parametry světelného pulzu. Zesilovače signálu, digitální zpracování signálů, kompenzace fluorescence, typy zobrazení výsledků analýzy. Aplikace průtokové cytometrie u rostlin, analýza a třídění mitotických chromozómů, analýza protoplastů, analýza chloroplastů, analýza genové exprese, studium fytoplanktonu, fytopatologie, technologie Luminex. Analýza obsahu jaderné DNA, stanovení ploidie, určení velikost jaderného genomu, identifikace mezidruhových hybridů, detekce aneuploidie, určení způsobu reprodukce, analýza kinetiky buněčného cyklu, apoptóza, endoreduplikace, třídění buněčných jader. Využití cytometrie biomedicínském výzkumu, imunofenotypizace, CD nomenklatura, mitochondrie a apoptóza, membránový potenciál mitochondrií, fluorescenční přenos energie (FRET).
