Molekulární metody v environmentálních vědách - MO550P103

• Anglický název: Molekulární metody v environmentálních vědách
• Zajišťuje: Ústav pro životní prostředí (31-550)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2018
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 3
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/0, Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: 1
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: zrušen
• Jazyk výuky: čeština
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: Mgr. Kateřina Svobodová, Ph.D.

Anotace

Poslední úprava: Ing. Luboš Matějíček, Ph.D. (07.05.2009)

Anotace:
Kurs je zaměřen na přehled základních technik molekulární genetiky a proteomiky a jejich využití v environmentálním
mikrobiálním výzkumu. Zvláštní zřetel je kladen na techniky práce s nukleovými kyselinami při hodnocení biodiverzity v
životním prostředí. Kurz je doplněn rozborem konkrétních příkladů environmentálního výzkumu kombinujících
presentované metody.
Sylabus
1. Úvod do environmentální mikrobiologie (mikroorganismy v environmentálním výzkumu)
2. Vliv organických polutantů v ŽP na mikroorganismy (nejčastější typy polutantů v ŽP, testy toxicity, mutagenicity
a ED aktivity využívající mikroorganismy)
3. Přehled molekulárních metod v environmentálním výzkumu, základy molekulárních metod (izolace DNA,
struktura DNA ? transkripce - PCR, translace - struktura proteinů - vlastnosti proteinů důležité pro proteomické metody)
4. Metody proteomové analýzy (SDS PAGE, IEF, 2D separace proteinů, LC-MS)
5. Kapalinová chromatografie pro purifikaci proteinů (izolace redox enzymů pro využití v in vitro degradacích
polutantů)
6. PCR techniky pro identifikaci mikroorganismů v ŽP, pro detekci produkce redox enzymů v ŽP (srovnání
klasických kultivačních technik s DNA metodami, srovnání využití DNA a RNA metodických postupů, real-time PCR)
7. Příklady využití DNA a RNA metodických postupů (hodnocení enzymatického potenciálu jednotlivých
organismů a v environmentálních vzorcích)
8. DGGE analýza (princip metody, modifikace primerů a annealing teploty v PCR, srovnání s TGGE)
9. využití DGGE pro hodnocení biodiverzity- konkrétní případy
10. Využití molekulárních metod pro hledání biotechnologicky významných mikrobiálních enzymů
11. konzultace

Literatura:
Úvod do molekulární biologie I-III.díl, S. Rosypal, 2. vydání, 1997, Masarykova Univerzita, Brno.
Wastewater Microbiology, G. Bitton, Third Edition, 2005, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, New Jersey, ISBN: 0-471-
65071-4.
Introduction to Environmental Analysis, R. Reeve, 2002, John Wiley & Sons Ltd, ISBNs: 0-471-49294-9 (Hardback); 0-
470-84578-3 (Electronic).

Fundamentals of Environmental Sampling and Analysis, Chunlong (Carl) Zhang, 1st Edition, 2007, John Wiley & Sons, Inc.,
Hoboken, New Jersey, ISBN: 978-0-471-71097-4.

Environmental Biotechnology, Hans-Joachim Jördening and Josef Winter (Ed.), 1st Edition, 2005, WILEY-VCH Verlag
GmbH & Co. KGaA, Weinheim, ISBN: 3-527-30585-8.
Wood production, wood technology and biotechnological impacts, U. Kües, (Ed.), 1st Edition, 2007, Universitätsverlag
Göttingen, ISBN 978-3-940344-11-3.