Studium transportních a strukturních vlastností oligopeptidů pomocí fluorescenčních metod
| Název práce v češtině: | Studium transportních a strukturních vlastností oligopeptidů pomocí fluorescenčních metod |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Transport and structure properties of oligopeptides studied by fluorescence methods |
| Akademický rok vypsání: | 2008/2009 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Fyzikální ústav UK (32-FUUK) |
| Vedoucí / školitel: | RNDr. Roman Chaloupka, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 12.11.2008 |
| Datum zadání: | 12.11.2008 |
| Datum a čas obhajoby: | 13.09.2010 00:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 13.09.2010 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 13.09.2010 |
| Oponenti: | RNDr. Aleš Holoubek, Ph.D. |
| Konzultanti: | RNDr. Roman Chaloupka, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| 1. Prostudovat dostupnou literaturu a navrhnout různé metody pro měření transportu indukovaného oligopeptidy v liposomech.
2. Navržené metody vyzkoušet a optimalizovat. 3. Aplikovat optimalizované metody na dva oligopeptidy odpovídající transmembránovým úsekům (TM3 a TM6) proteinu MntH. 4. Interpretovat změřená data a stanovit specifitu transportu. 5. Případně využít fluorescenci k strukturní charakterizaci daných peptidů (např. fluroescence tryptofanu u TM3). |
| Seznam odborné literatury |
| 1. Ladokhin AS and White SH (2001) Alphas and taus of tryptophan fluorescence in membranes. Biophys J, 81, 1825-1827.
2. Ladokhin AS, Wimley WC, and White SH (1995) Leakage of membrane vesicle contents: determination of mechanism using fluorescence requenching. Biophys J, 69, 1964-1971. 3. Ohmizo C, Yata M, and Katsu T (2004) Bacterial cytoplasmic membrane permeability assay using ion-selective electrodes. J Microbiol Methods, 59, 173-179. 4. Venema K, Gibrat R, Grouzis JP, and Grignon C (1993) Quantitative measurement of cationic fluxes, selectivity and membrane potential using liposomes multilabelled with fluorescent probes. Biochim Biophys Acta, 1146, 87-96. |
| Předběžná náplň práce |
| Při studiu transportních vlastností membránových proteinů se dá využít i oligopeptidů, které odpovídají jednotlivým transmembránovým úsekům studovaného proteinu. U proteinu MntH (Proton-dependent Manganese Transporter), což je bakteriální protein transportující některé dvojmocné kovy společně s protony, víme zatím o dvou transmembránových segmentech (TM3 a TM6), které jsou schopné za určitých podmínek vytvořit kanál přes membránu. Náplní této práce bude zavést metodu pro studium těchto kanálů v liposomech pomocí fluroescence s cílem dozvědět se více o substrátové specifitě transportu. Bude využito různých fluorescenčních sond (detekce draslíku, pH, chloridů, membránového poteinciálu atd.) a různých experimentálních podmínek (gradient různých iontů přes membránu). |