Bude upřesněno, podrobnější informace (e-mail: vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz, případně i telefon:220183234)
Seznam odborné literatury
Bude upřesněno, podrobnější informace (e-mail: vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz, případně i telefon:220183234)
Předběžná náplň práce
Teoretický model biochemických reakcí může poskytnout spolehlivé informace o chemii katalytického procesu. Tento projekt je zaměřen na modelování klíčových parametrů nově navrženého mechanismu pro odštěpení poškozené báze enzymem hOGG1 (human 8-oxoG glycosylase 1). Ačkoli krystalová struktura komplexu DNA-hOGG1 je známa od roku 2003, katalytický mechanizmus není dosud uspokojivě vyřešen. Náš předchozí výzkum prokázal existenci nového strukturního faktoru DNA a RNA nukleosidů – pyramidální geometrii glykosidického dusíku (Nucleic Acids Research 37, 7321, 2009). Pyramidalizace 8-oxoG deponovaného v katalyticky aktivním místě hOGG1 dovoluje odštěpení báze mechanizmem, který má extrémě nízkou aktivační bariérou a který je navíc selektivní vzhledem k poškozené a normální G bázi. Mechanizmus využívající aktivaci substrátu ve formě vynucené pyramidalizace představuje novou strategii, která nebyla dosud popsána ve skupině tzv. BER (Base Excision Repair) enzymů. Teoretické modelování bude prováděno ve spolupráci s experimentální laboratoří Prof. Yoshyiuki Tanaka, Tohoku University, Sendai, Japonsko.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Theoretical model of a biochemical reaction can provide reliable chemical picture of catalytic process. Aim of this project is to model key parameters of newly proposed repair mechanism with hOGG1; the human 8-oxoG glycosylase 1. Although the crystal structure of DNA-hOGG1 complex is available since 2003, mechanism of excision of the oxidized G base remained blurring. Our previous research evidenced existence of a novel structural feature of DNA and RNA oligonucleotides - pyramidal glycosidic nitrogen (Nucleic Acids Research 37, 7321, 2009). The pyramidalization of 8-oxoG within the hOGG1 catalytic pocket allows for base excision with extremely low activation barrier that is moreover selective with respect to damaged and normal G base. The mechanism employing activation of substrate in the form of enforced pyramidalization represents new strategy within the family of base excision repair enzymes. The theoretical modeling will be conducted in collaboration with experimental laboratory of Prof. Yoshiyuki Tanaka, Tohoku University, Sendai, Japan.
