velikost textu

Molecular cytogenetics of selected actinopterygian fishes: insight from repetitive sequences to whole genome analyses

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Molecular cytogenetics of selected actinopterygian fishes: insight from repetitive sequences to whole genome analyses
Název v češtině:
Molekulární cytogenetika paprskoploutvých ryb: od repetitivních sekvencí po analýzu celého genomu
Typ:
Disertační práce
Autor:
Mgr. Zuzana Majtánová
Školitel:
Mgr. Radka Symonová, Ph.D.
Oponenti:
Prof. RNDr. František Marec, CSc.
RNDr. František Šťáhlavský, Ph.D.
Konzultant:
RNDr. Lukáš Choleva, Ph.D.
Id práce:
98901
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra zoologie (31-170)
Program studia:
Zoologie (P1502)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
31. 1. 2017
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Angličtina
Abstrakt:
ABSTRAKT Paprskoploutvé ryby, Actinopterygii, skupina s nejvyšší taxonomickou diverzitou mezi všemi obratlovci, představují v posledním období atraktivní objekt evolučních studií. S pokrokem v oblasti molekulární cytogenetiky a cytogenomiky roste i význam těchto metod ve studiu uspořádání a evoluce rybích genomů jako základu této diverzity. Má dizertační práce se zabývá studiem evoluce genomu vybraných skupin ryb, a to jak bazálních linií parskoploutvých (Lepisosteidae a Amiidae) a kostnatých (Pantodontidae), tak i “vyšších” kostnatých ryb z čeledí Cobitidae a Coregonidae. Využila jsem metody konvenční a molekulární cytogenetiky společně s fylogenetickými a statistickými přístupy. V rámci své dizertační práce popisuji cytogenetickou variabilitu blízce příbuzných druhů síhů (Coregonus), a roli repetitivních úseků genomu v ekologické speciaci. V kontrastu s recentní cytotaxonomickou diverzitou síhů, jsme odhalili relativně dlouhodobou karyotypovou stabilitu ve spojení s asexuálním rozmnožováním u sekavců rodu Cobitis. V další publikaci detailně popisujeme překvapivé uspořádání AT/GC bazí na chromozomech a v genomu kostlínů (Atractosteus a Lepisosteus) a bioinformaticky analyzujeme jejich uspořádání v genomu těchto bazálních paprskoploutvých ryb v kontextu hlavních linií obratlovců. V návaznosti na práci o kostlínech, přinášíme detailní cytogenetická data u kaprouna obecného (Amia calva), jediného recentního představitele řádu Amiiformes. Ačkoliv patří kaproun mezi nejbližší žijící příbuzné kostlínů, ukazujeme jeho karyologickou a cytogenetickou podobnost kostnatým rybám. Dále jsem se podílela na cytogenetické analýze motýlkovce afrického (Pantodon buchholzi), jediného představitele čeledi Pantodontidae, řádu Osteoglossiformes. Výsledky této dizertační práce ukazují, jak dynamický a komplexní systém představují genomy ryb a že i v době masivně využívaných sekvenací nové generace, mohou cytogenetické přístupy poskytnout data nezískatelná jinými metodami.
Abstract v angličtině:
ABSTRACT Actinopterygian fishes exhibit the greatest taxonomical diversity of all vertebrates, making this group attractive to address numerous evolutionary questions. The role of molecular cytogenetics and cytogenomics further increase because recent advances in these fields provide more comprehensive view of fish genome organization and evolutionary dynamics, responsible for this amazing diversity. My Thesis investigates the genome organization of selected fish lineages, namely basal lineages of Actinopterygians (Lepisosteidae and Amiidae) and Teleosts (Pantodontidae), together with “modern” fishes Cobitidae and Coregonidae. I have integrated conventional and molecular cytogenetic techniques together with phylogenetic and statistical approaches. Publications included into the Thesis describe e.g. the cytogenetic variability and dynamics in closely related fish species of the genus Coregonus and the impact of repetitive sequences on the ecological speciation. In contrast to the recent cytotaxonomical diversity of Coregonids, we have detected a karyotype stability associated with asexual reproduction in spined loaches of the genus Cobitis. In the subsequent publication, we describe a surprising AT/GC genome organization in gars (Atractosteus and Lepisosteus) and summarize the knowledge of genome organization and karyotype differentiation of these basal actinopterygian lineages in the context of other major vertebrate lineages. Also we provide first reliable chromosomal data for the bowfin Amia calva, the only representative of fishes from order Amiiformes. Although bowfin represents the closest extant lineage of gars, we show its karyological and cytogenetic similarities with Teleosts. I have participated on cytogenetic analyses of the African butterfly fish Pantodon buchholzi, the only representative of the family Pantodontidae (Osteoglossiformes). The outcomes of this Thesis reveal the dynamic nature and the complexity of the fish genome, as well as the importance of cytogenetic and cytogenomic methodologies in the age of the next generation sequencing.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Zuzana Majtánová 23.54 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Zuzana Majtánová 149 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Zuzana Majtánová 147 kB
Stáhnout Autoreferát / teze disertační práce Mgr. Zuzana Majtánová 594 kB
Stáhnout Posudek oponenta Prof. RNDr. František Marec, CSc. 131 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. František Šťáhlavský, Ph.D. 138 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 428 kB