text size

Translation reinitiation mechanism on mRNA of trascriptional activator GCN4.

Notice: I hereby declare that I am aware that the information acquired from theses published by Charles University may not be used for commercial purposes or may not be published for educational, scientific or other creative activities as activities of person other than the author.
Title:
Translation reinitiation mechanism on mRNA of trascriptional activator GCN4.
Title (in czech):
Mechanismus translační reiniciace na mRNA transkripčního aktivátoru GCN4.
Type:
Bachelor's thesis
Author:
Mgr. Vladislava Vlčková
Supervisor:
Mgr. Leoš Valášek, Ph.D.
Opponent:
Mgr. Dita Strachotová, Ph.D.
Thesis Id:
98789
Faculty:
Faculty of Science (PřF)
Department:
Department of Genetics and Microbiology (31-140)
Study programm:
Special Chemical and Biological Programmes (B3912)
Study branch:
Molecular Biology and Biochemistry Organisms (BMOBIBO)
Degree granted:
Bc.
Defence date:
09/06/2011
Defence result:
Excellent
Language:
English
Keywords (in czech):
reiniciace translace, GCN4, eIF3, 40S podjednotka, krátký otevřený čtecí rámec
Keywords:
translation reinitiation, GCN4, eIF3, 40S subunit, uORF
Abstract (in czech):
Translační reiniciace je genově specifický mechanismus kontroly translace, který využívá schopnosti něktrých krátkých otevřených čtecích rámců (uORFs) předcházejících v mRNA hlavní otevřený čtecí rámec zadržet 40S ribosomální podjednotku na mRNA poté, co ribosom na tomto uORF translaci ukončil. Efektivita tohoto procesu je ovlivněna tím, jaké nukleotidové sekvence uORF obklopují a jak rychle je ribosomem překládán, zdali jsou přítomny vybrané iniciační faktory, a také vzdáleností tohoto uORF od hlavního otevřeného čtecího rámce. Přestože přesný mechanismus reiniciace není dosud zcela znám, v posledních letech byly některé jeho dílčí kroky objasněny za pomoci studia mechanismu translační kontroly genu GCN4. Ukázalo se například, že naprosto nezbytná pro tento proces je účast eIF3. eIF3 specificky interaguje s mRNA sekvencí předcházející uORF, a tím významně napomáhá zadržení 40S podjednotky na mRNA a následné reiniciaci. Cílem této práce je shrnutí současných poznatků týkajících se mechanismu reiniciace translace. Jako příklad byl zvolen kvasinkový transkripční aktivátor GCN4, translace jehož mRNA je přísně řízena právě mechanismem reiniciace.
Abstract:
Translation reinitiation is a gene-specific translational control mechanism exploiting the ability of some short upstream open reading frames (uORFs) to retain post-termination 40S ribosomal subunit on the mRNA. Reinitiation efficiency depends on cis-acting sequences surrounding the uORF, translation elongation rates on the uORF, selected initiation factors, and the intercistronic distance of the short uORF from the main ORF. Although the precise mechanism of reinitiation is still not known, great progress in elucidating some of its details has been recently made with help of the GCN4 translational control model system. Among them, involvement of eIF3 was shown to play a critical role for efficiency of this process. In particular, it was proposed that eIF3 specifically interacts with sequences located upstream of a reinitiation-permissive uORF upon termination, and that this step is instrumental in stabilizing the 40S ribosomal subunit on the mRNA to allow subsequent resumption of scanning for reinitiation downstream. In this thesis, the current knowledge of the translation reinitiation mechanism is summarized. As a typical example, the yeast transcriptional activator GCN4 has been chosen, the mRNA of which is subjected to a tight translational control via the very reinitiation mechanism.
Documents
Download Document Author Type File size
Download Text of the thesis Mgr. Vladislava Vlčková 584 kB
Download Abstract in czech Mgr. Vladislava Vlčková 42 kB
Download Abstract in english Mgr. Vladislava Vlčková 42 kB
Download Supervisor's review Mgr. Leoš Valášek, Ph.D. 126 kB
Download Opponent's review Mgr. Dita Strachotová, Ph.D. 98 kB
Download Defence's report prof. RNDr. Petr Horák, Ph.D. 81 kB