Speciation genomics in nightingales
Genomika speciace u slavíků
dizertační práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/110162Identifikátory
SIS: 94826
Kolekce
- Kvalifikační práce [19113]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Macholán, Miloš
Piálek, Lubomír
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
-
Katedra / ústav / klinika
Katedra zoologie
Datum obhajoby
16. 9. 2019
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Prospěl/a
Klíčová slova (česky)
speciace, reprodukční izolace, genomikaKlíčová slova (anglicky)
speciation, reproductive isolation, genomicsShrnutí Speciacejeobvyklepomalýproces,kdesečasměřívtisícíchažmilionechlet.Todělávýzkum speciaceobtížným,protože"celou"speciacinelzeanipozorovat,anisníexperimentálněma- nipulovat.Nejvíceinformacíospeciacinámposkytnepodrobnápopulačnístrukturaspolečně s rekonstruovanou populační historií vybraných populací, které považujeme za vznikající nebo nedávno vzniklé druhy. Díky nedávnému vzestupu nových sekvenačních metod lze nyní zjistit genotypy mnoha jedinců ve velkém rozlišení za přijatelnou cenu. Výzkum spe- ciace tím získává nové obzory. Speciace totiž není jeden konkrétní proces, který se pokaždé odehraje podle stejného scénáře, ale spíše symfonie různých událostí, jež vedou v konečném důsledku k (trvalé) reprodukční izolaci dvou subpopulací. Proto je k pochopení celého feno- ménudůležitézkoumatpříkladyurůznýchmodelovýchsystémů.Myjsmesizvolilidvadruhy slavíků(LuscinialusciniaaL.megarhynchos),kteréseoddělilypředzhruba1,8 milionemlet, pravděpodobnědíkyposunůmzaledněníběhemstřídánídobledových.Našímhlavnímcílem bylopomocínovýchsekvenačníchmetod(1)detekovatmezidruhovéhybridy,(2)odhadnout úroveň genového toku mezi druhy, (3) najít oblasti v genomu slavíka, které podmiňují reprodukční izolaci mezi druhy a konečně (4) prozkoumat roli chromosomu Z při speciaci....
Speciationisusuallyaslowprocessoccurringoverthousandstomillionsofyears.Thismakes speciation research difficult because no direct observation or manipulation is possible. At best, we can gain some insight by inferring the population history and structure in very fine detail by investigating genetic markers in multiple individuals of the nascent species. Today, speciationresearchisinanunprecedentedpositionthankstotheadventofhigh-throughput sequencingmethods,whichmakeiteasier and cheaper than ever before to evaluate multiple markers in many individuals. Speciation is not a straightforward process that happens in the same way every time, but rather a phenomenon occurring when genetic and ecological circumstancesactinginsymphonyultimatelyleadtoreproductiveisolationoftwosubpopula- tions. This is why it is important to study multiple model systems to understand the general principles behind speciation. We worked with two species of nightingales (Luscinia luscinia andL.megarhynchos)thatdivergedapproximately1.8Mya,likelyduetoglacialfluctuations in Europe. Our main goal was to use these new high-throughput sequencing methods to (1) detect interspecific hybrids between the species, (2) estimate levels of interspecific gene flow,(3)findareasofthenightingalegenomethatunderliereproductiveisolationand,finally, (4)...