velikost textu

Hmotnostní spektrometrie v proteomice: strukturní biologie a klinické aplikace

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Hmotnostní spektrometrie v proteomice: strukturní biologie a klinické aplikace
Název v angličtině:
Mass spectrometry in proteomics: structural biology and clinical applications
Typ:
Disertační práce
Autor:
Mgr. Kateřina Pavlásková, Ph.D.
Školitel:
doc. RNDr. Miroslav Šulc, Ph.D.
Oponenti:
RNDr. Veronika Obšilová, Ph.D.
doc. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D.
Id práce:
90016
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra biochemie (31-250)
Program studia:
Biochemie (P1406)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
14. 9. 2011
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
hmotnostní spektrometrie, protein-proteinové interakce, klinické aplikace MS
Klíčová slova v angličtině:
mass spectrometry, protein-protein interaction, MS clinical applications
Abstrakt:
Abstrakt Hmotnostní spektrometrie (MS) je rychlá, specifická, citlivá a experimentálně variabilní metoda, kterou lze s úspěchem použít v celé řadě proteomických aplikací, např. při identifikaci a řešení primární struktury proteinů nebo pro studium terciární struktury a protein-proteinových interakcí. Zavedení tzv. měkkých ionizačních technik na konci 80. let minulého století umožnil ionizovat bez nežádoucí fragmentace biologické makromolekuly jako jsou proteiny, oligosacharidy nebo nukleové kyseliny, a tak nejvíce ovlivnil využití hmotnostní spektrometrie na poli proteomiky. Cílem této práce bylo použití současných přístupů hmotnostní spektrometrie při řešení několika proteomických otázek. První část práce je zaměřena na studium terciární struktury a protein-proteinových interakcí pomocí kombinace techniky chemického zesítění s MS analýzou ve třech modelových systémech: (1) homodimeru lidského regulačního proteinu 14-3-3, (2) systému proteinu 14-3-3 s regulační doménou tyrosinhydroxylasy, a (3) systému dvou membránových proteinů účastnících se biotransformace xenobiotik – cytochromu P450 2B4 a cytochromu b5. Tento metodický přístup pracuje s proteiny ve vodných roztocích za fyziologických podmínek a zachovává tak jejich nativní struktury. Ve druhé části práce byly pomocí MS studovány proteinové profily houbových spór kmenů Aspergillus a Pseudallescheria. Byly hledány peptidové/proteinové diagnostické znaky, které by bylo možné využít pro včasnou detekci invazivních mykóz způsobovaných těmito plísněmi. Třetí část práce představuje MS přístupy použité při řešení několika konkrétních proteomických a lipidomických projektů. Dílčími cíly této části bylo (1) určit polohu dvojné vazby v molekulách peptidů nebo lipidů, (2) identifikovat nové alergeny v pšeničné mouce, (3) sledovat změny v proteomu lidských leukemických buněk (mimo jiné izoforem 14-3-3 proteinu) po podání léčiva indukujícího apoptózu.
Abstract v angličtině:
Abstract Mass spectrometry (MS) is a rapid, specific and very sensitive analytical method with a broad spectrum of proteomic applications such as protein identification and sequencing, 3D protein structure characterization or study of protein-protein interaction. The introduction of two ionization techniques in late 1980’s that are able to ionize the large biomolecules such as proteins, oligosaccharides or nucleic acids with no or low fragmentation has started the rapidly expanding field of MS-based proteomics. The presented thesis was aimed at the application of mass spectrometric approaches to answer several proteomic questions. Firstly we have employed the chemical cross-linking in combination with MS analysis to solve the 3D structure and protein-protein interactions of three model systems: (1) homodimeric human regulatory protein 14-3-3, (2) model of 14-3-3 and regulatory domain of tyrosine hydroxylase, and (3) system of two membrane proteins, cytochrome P450 2B4 and cytochrome b5, involved in xenobiotics biotransformation. This approach works in aqueous solutions under physiological conditions and thus preserves native structure of the investigated proteins. The second part of the thesis was focused on MS identification of proteins/peptides in fungal spores of Aspergillus and Pseudallescheria strains, namely on discovery and characterization of new biomarkers for early stage detection of serious invasive mycoses caused by these molds. The last part was devoted to the elucidation of particular problems in proteomic and lipidomic projects such as (1) localization of double bond in peptides or lipids by MS, (2) identification of new wheat flour allergens, and (3) determination of proteome changes in leukemic cells during apoptosis induced by medical treatment (including changes in the expression of 14-3-3 proteins).
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Kateřina Pavlásková, Ph.D. 23.08 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Kateřina Pavlásková, Ph.D. 84 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Kateřina Pavlásková, Ph.D. 71 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. Miroslav Šulc, Ph.D. 89 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Veronika Obšilová, Ph.D. 112 kB
Stáhnout Posudek oponenta doc. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. 105 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 1002 kB