velikost textu

Fylogeneze a evoluce bodlinatých myší rodu Acomys

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Fylogeneze a evoluce bodlinatých myší rodu Acomys
Název v angličtině:
Phylogenetic relationships and evolution of the genus Acomys (Rodentia: Muridae)
Typ:
Disertační práce
Autor:
Mgr. Klára Palupčíková
Školitel:
doc. RNDr. Daniel Frynta, Ph.D.
Oponenti:
doc. RNDr. František Sedláček, CSc.
Mgr. Vladimír Mazoch
Id práce:
84526
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra zoologie (31-170)
Program studia:
Zoologie (P1502)
Obor studia:
-
Přidělovaný titul:
Ph.D.
Datum obhajoby:
28. 11. 2019
Výsledek obhajoby:
Prospěl/a
Informace o neveřejnosti:
Zveřejnění práce bylo odloženo do 26.11.2022
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
Acomys
Klíčová slova v angličtině:
Acomys
Abstrakt:
Abstrakt Geografické rozšíření a fylogeneze bodlinatých myší rodu Acomys Geoffroy I., 1838 zůstává stále kontroverzním a otevřeným tématem. Tato práce se zabývá vnitrodruhovou strukturou a geografickým rozšířením rodu Acomys ze severní, východní, střední a jižní části Afriky, ostrovů Středozemního moře Kypr a Kréta, Tureckého pobřeží, Arabského a Sinajského poloostrova a z Íránu, při využití molekulárních analýz. Molekulární analýzy byly založeny, jak na mitochondriálních genových sekvencích genů D-loop (publikace I) a cytochromu b, tak i na jaderných sekvencích genu intraretinálního vazebného proteinu (IRBP) (publikace III, IV) a rekombinantního aktivačního genu 1 (RAG1) (publikace II.). Dále byla data podrobena fylogenetickým analýzám za použití analýz Maximální pravděpodobnosti (Maximum likelihood, ML), Bayesovské anylýzy (BA), Maximální úspornosti (Maximum parsimony, MP) a metoda nejbližšího souseda (Neighbor-joining, NJ). Výsledky těchto analýz potvrdily, že afro-středomořské Acomys cahirinus a asijské klady Acomys dimidiatus jsou jasně oddělené. Velká podobnost mezi haplotypy z kontinentální Afriky a severního Středomoří (klad A. cahirinus sensu stricto) podporuje hypotézu, že předci A. nesiotes, A. cilicicus a A. minous se velmi pravděpodobně rozšířili jako komenzální populace, čímž je zpochybněn jejich status jako platných druhů. Byla nalezena značná genetická variabilita v Asii (publikace I), avšak největší genetická variabilita byla nalezena ve východní Africe (publikace II, III, IV). Multilokusová fylogeneze založená na čtyřech genetických markrech ukazuje přítomnost pěti hlavních skupin bodlinatých myší rodu Acomys: A. subspinosus, A. spinosissimus, A. russatus, A. wilsoni a A. cahirinus. Skupiny A. spinosissimus, A. wilsoni a A. cahirinus jsou dále strukturovány do fylogenetických subpopulací s převážně parapatrickým rozšířením. Tato disertační práce přináší informace o existenci nejméně 27 výlučných genetických liniích bodlinatých myší rodu Acomys z nichž některé byly poprvé popsány až v této práci.
Abstract v angličtině:
Abstract The geographical distribution and phylogeny of the spiny mice of the genus Acomys Geoffroy I., 1838 remains a controversial and open topic. This doctoral thesis deals with the intraspecific structure and geographical distribution of the genus Acomys from the northern, eastern, central and southern parts of Africa, the Mediterranean islands of Cyprus and Crete, the Turkish coast, the Arabian and Sinai Peninsula and Iran, using molecular analyzes. Molecular analyzes were based on both the mitochondrial gene sequences of the D-loop genes (publication I.) and cytochrome b, as well as the nuclear sequences of the Intraretinal Binding Protein gene (IRBP) (publication IV) and recombinant activation gene 1 (RAG1) (publication II.). Furthermore, the data were subjected to phylogenetic analyzes using the Maximum Probability, Bayesian, Maximum Parsimony, and Minimum Evolution analysis. The results of mentioned analyses confirmed that the Afro-Mediterranean Acomys cahirinus and Asian Acomys dimidiatus are clearly separated. The large similarity between the haplotypes of continental Africa and the northern Mediterranean (A. cahirinus sensu stricto) supports the hypothesis that the ancestors of A. nesiotes, A. cilicicus and A. minous are very likely to spread as commensal populations, thereby challenging their status as valid species. Considerable genetic variability was found in Asia (publication I), but the greatest genetic variability was found in East Africa (publications II, III, IV). Multi-locus phylogeny based on four genetic markers shows the presence of five major groups of spiny mice of the genus Acomys: A. subspinosus, A. spinosissimus, A. russatus, A. wilsoni and A. cahirinus. The groups A. spinosissimus, A. wilsoni and A. cahirinus are further structured into phylogenetic sub- populations with predominantly parapatric distributions. This doctoral thesis provides information on the existence of at least 27 lineages of spiny mice of the genus Acomys, some of which were first described in this thesis.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Klára Palupčíková 73.26 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Klára Palupčíková 259 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Klára Palupčíková 254 kB
Stáhnout Autoreferát / teze disertační práce Mgr. Klára Palupčíková 1.16 MB
Stáhnout Posudek oponenta doc. RNDr. František Sedláček, CSc. 373 kB
Stáhnout Posudek oponenta Mgr. Vladimír Mazoch 310 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby prof. RNDr. Ivan Horáček, CSc. 153 kB