velikost textu

Functional analysis of invertebrate (Branchiostoma floridae) promoters in heterologous systems

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Functional analysis of invertebrate (Branchiostoma floridae) promoters in heterologous systems
Název v češtině:
Funkční analýza promotorů bezobratlovce (Branchiostoma floridae) v heterologních systémech
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Mgr. Daniela Gurská
Vedoucí:
RNDr. Zbyněk Kozmík, CSc.
Oponent:
RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D.
Id práce:
83244
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra buněčné biologie (31-151)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Buněčná a vývojová biologie (NBUNVYB)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
1. 6. 2011
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Angličtina
Klíčová slova:
transkripčná regulácia, prevádzkové gény, regulačné prvky promotoru, evolučná konzervácia prepisu, regulačné oblasti kopijovca
Klíčová slova v angličtině:
transcriptional regulation, housekeeping genes, core promoter elements, evolutionary conservation of transcription, amphioxus regulatory regions
Abstrakt:
Abstrakt Porozumenie mechanizmov transkripčnej regulácie a obmedzeniu, ktoré sa vyskytuje v sekvencii promotoru génu, je kľúčovým krokom k porozumeniu evolučnej konzervácie transkripčnej regulácie. Regulačné oblasti s rovnakým expresným výstupom nemusia vykazovať sekvenčnú podobnosť. Najdôležitejším prvkom v regulačnej oblasti sú totiž väzbové miesta pre transkripčné faktory, ktorých premiestnenie nemá obvykle vplyv na expresný výstup. Najjednoduchšia transkripčná regulácia je charakteristická pre prevádzkové (tzv. housekeeping) gény. Pre svoju expresiu vyžadujú len základné väzbové miesta v promotore (niekedy je postačujúca len prítomnosť CpG ostrovov) a všeobecné transkripčné faktory, a preto môžu byť prepisované jednoducho a okamžite vždy keď je potreba. V tejto práci sme sa zamerali na transkripčnú reguláciu prevádzkových génov bezstavovca kopijovca (Branchiostoma floridae) v stavovcoch. Pripravili sme sadu vektorov s regulačnými oblasťami kopijovca na testovanie ich aktivity v rôznych bunkových líniách cicavcov a sadu vektorov s rovnakými regulačnými oblasťami pre pozorovanie priestorového rozpoznania vo vyvíjajúcom sa embryu ryby medaky. Polovica z testovaných regulačných oblastí kopijovca bola rozpoznaná transkripčnou mašinériou bunky stavovca, no miera ich aktivity bola závislá na bunkovom type. Jedna z regulačných oblastí dokonca ukazuje špecifický patern v expresii reportérového génu vo vyvíjajúcom sa embryu ryby. V súhrne, regulačné oblasti prevádzkových génov bezstavovca môžu byť rozpoznané transkripčnou mašinériou stavovca, no napriek tomu existuje mnoho špekulácii ohľadne bunkovej závislosti na rozpoznaní regulačnej oblasti prevádzkových génov, ako aj ohľadne faktu, že každá zo skúmanej regulačnej oblasti obsahuje základné regulačné prvky v promotore, ale len jedna funkčná. Kľúčové slová: transkripčná regulácia, prevádzkové gény, regulačné prvky promotoru, evolučná konzervácia prepisu, regulačné oblasti kopijovca
Abstract v angličtině:
Abstract Understanding the mechanisms of transcriptional regulation and the constraints that operate in gene promoter sequences is the key step in understanding the evolutionary conservation of transcriptional regulation. It is well known that regulatory regions with the same expression outputs do not have to share the sequence similarity. The most important elements in regulatory sequences are transcription factor binding sites and their position relocation does not usually influence the expression output. The least complex transcriptional regulation is characteristic for housekeeping genes. For their expression they require only basal core promoter elements (sometimes only CpG islands are sufficient) and general transcription factors, so they can be transcribed easily and immediately whenever they are needed. In this study we focused on transcriptional regulation of invertebrate amphioxus (Branchiostoma floridae) housekeeping genes in vertebrate systems. We prepared a set of constructs with amphioxus regulatory regions for testing their activity in different mammalian cell lines and a set of constructs with the same amphioxus regulatory regions for observing their spatial recognition in developing medaka fish embryo. We found that half of investigated amphioxus regulatory regions are recognized by vertebrate cells transcriptional machinery, however the rate of their activity depends on a cell type. One of the tested amphioxus regulatory regions even shows a specific patter of expression of the reporter gene in the developing embryo. In summary, it seems that invertebrate regulatory regions of housekeeping genes can be recognized by vertebrate transcriptional machinery, nevertheless there are many speculations about the cell type-dependence recognition of the regulatory region of housekeeping genes as well as about the fact, that each investigated amphioxus regulatory region possesses core promoter elements sufficient for driving expression and still just one of them is recognized. Key words: transcriptional regulation, housekeeping genes, core promoter elements, evolutionary conservation of transcription, amphioxus regulatory regions
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Daniela Gurská 2.46 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Daniela Gurská 98 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Daniela Gurská 15 kB
Stáhnout Posudek vedoucího RNDr. Zbyněk Kozmík, CSc. 70 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D. 108 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 277 kB