velikost textu

Cílené vyhledávání genů sekundárního metabolismu ve streptomycetách.

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Cílené vyhledávání genů sekundárního metabolismu ve streptomycetách.
Název v angličtině:
The directed search of genes for secondary metabolites in streptomycetes.
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Mgr. Tomáš Bakal
Vedoucí:
Mgr. Lucie Najmanová, Ph.D.
Oponent:
doc. RNDr. Blanka Janderová, CSc.
Id práce:
81824
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Mikrobiologie (NMIKRO)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
19. 9. 2011
Výsledek obhajoby:
Velmi dobře
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
aktinomycety, antibiotika, A-domény NRPS, PCR, 16S ribozomální DNA
Klíčová slova v angličtině:
actinomycetes, antibotics, A-domain NRPS, PCR, 16S ribosomal DNA
Abstrakt:
Objevy nových přírodních antibiotik jsou dnes již vzácností, proto se jako velmi perspektivní možnost zisku nových antibiotik a látek se zajímavou biologickou aktivitou jeví konstrukce kmenů produkujících hybridní látky. Tato práce je součástí širšího projektu zaměřeného na přípravu nových biologicky aktivních látek odvozených od antibiotika linkomycinu. Linkomycin se skládá z cukerné (MTL) a aminokyselinové (kyselina propylhygrová) složky spojených peptidovou vazbou. Je známo, že nejrůznější modifikace aminokyselinové části molekuly, zvláště pak bočního alkylového řetízku, vedou ke zlepšení antibiotických vlastností výsledné látky. Úzkým hrdlem syntézy takto modifikovaných látek je kondenzační enzym NDL-syntetáza a především jeho A-doména, která, stejně jako u nonribozomálních peptidových syntetáz (NRPS), specificky rozpoznává a aktivuje aminokyselinový prekurzor. V rámci této práce byla navržena sada degenerovaných primerů pro vyhledávání A-domén NRPS metodou PCR a byly optimalizovány podmínky reakce. Zdrojem genetické informace pro vyhledávání zajímavých A-domén NRPS, použitelných pro konstrukci hybridních biosyntetických shluků, bude v první fázi sbírka cca 800 půdních izolátů aktinomycet. Kmeny této sbírky byly charakterizovány taxonomicky (sekvenace 16S rDNA) a sbírka byla utříděna (byly vyloučeny duplicitní kmeny). Z vybraných izolátů byla izolována chDNA, která bude templátem pro vyhledávání A-domén NRPS a případně jakýchkoli dalších zajímavých genových aktivit. Navržená sada degenerovaných primerů je naopak použitelná i pro vyhledávání v širším měřítku, například v půdním metagenomu.
Abstract v angličtině:
Discoveries of new natural antibiotics are now relatively rare, therefore the construction of strains producing hybrid substances seems to be a very promising opportunity to gain new interesting biologically active compounds. This work is part of a larger project focused on the preparation of new biologically active substances derived from the antibiotic lincomycin. Lincomycin is composed of saccharide (MTL) and amino acid (propylhygric acid) moieties condensed by amide bond. Various modifications of amino acid moiety, especially of the side alkyl chain, are known to improve the antibiotic properties of final molecule. The bottleneck of biosynthesis of such modified compounds is the condensing enzyme NDL-synthetase, and especially its A-domain, which, similarly to nonribosomal peptide synthetases (NRPS), specifically recognizes and activates the amino acid precursor. In this work a set of degenerate primers for PCR searching of NRPS A-domains was proposed and the conditions of PCR reaction were optimized. In the first step a collection approximately 800 isolates of soil actinomycetes will serve as a source of genetic information for search of interesting NRPS A-domains, applicable for the construction of hybrid biosynthetic clusters. The isolates of this collection have been also characterized taxonomically (16S rDNA sequencing) and the collection was sorted in order to eliminace the duplicate strains. Chromosomal DNAs were isolated from selected strains, which will serve as a template for search of NRPS A-domains and pošibly in future also other interesting gene activities. The proposed set of degenerate primers on the other hand can also be used for searching on a wider scale, such as in soil metagenom.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Tomáš Bakal 3.46 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Tomáš Bakal 42 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Tomáš Bakal 42 kB
Stáhnout Posudek vedoucího Mgr. Lucie Najmanová, Ph.D. 64 kB
Stáhnout Posudek oponenta doc. RNDr. Blanka Janderová, CSc. 74 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. RNDr. Ivo Konopásek, CSc. 80 kB