text size

Význam neolitické expanze ve střední Evropě - posouzení fylogenetického stáří mtDNA haploskupin u české populace.

Notice: I hereby declare that I am aware that the information acquired from theses published by Charles University may not be used for commercial purposes or may not be published for educational, scientific or other creative activities as activities of person other than the author.
Title:
Význam neolitické expanze ve střední Evropě - posouzení fylogenetického stáří mtDNA haploskupin u české populace.
Titile (in english):
The importance of Neolithic expansion in Central Europe - an assessment of phylogenetic age of mtDNA haplogroups in the Czech population.
Type:
Diploma thesis
Author:
Mgr. Edita Priehodová
Supervisor:
doc. Mgr. Viktor Černý, Dr.
Opponent:
prof. MUDr. Radim Brdička, DrSc.
Thesis Id:
80364
Faculty:
Faculty of Science (PřF)
Department:
Department of Anthropology and Human Genetics (31-110)
Study programm:
Biology (N1501)
Study branch:
Anthropology and Human Genetics (NANTR)
Degree granted:
Mgr.
Defence date:
21/09/2011
Defence result:
Excellent
Language:
Czech
Keywords (in czech):
archeogenetika, neolit, mtDNA haploskupina J, mtDNA haploskupina T1, fylogenetická síť, střední Evropa
Keywords:
archaeogenetics, neolith, mtDNA haplogroup J, mtDNA haplogroup T1, network, Central Europe
Abstract (in czech):
ABSTRAKT Zemědělství, resp. první kultury neolitu, vznikly na Předním východě před více než 10 000 lety. Neolit, jakožto nový životní styl s naprosto odlišným archeologickým projevem, pak rychle pronikal do jihovýchodní Evropy. Ve střední Evropě jsou první doklady neolitických kultur staré již 7 000 let. Uvažuje se o tom, že tato kulturní inovace ovlivnila do značné míry i demografický růst na zemědělství se podílejících populací. Za takové situace by ale muselo docházet k fixaci nových mutací, které by mohly vytvořit nové, pro Evropu specifické haploskupiny, jejichž ancestrální vazby by se nacházely na Předním východě. Fylogeografické studie evropských a předovýchodních mtDNA sekvencí zjistily, že se na evropské neolitické komponentě podílejí převážně haploskupiny J a T1, a že příspěvek nově příchozích zemědělců do celoevropského genofondu činí zhruba 10 – 20 %. V jednotlivých částech Evropy ale takové výzkumy povětšinou aplikovány nebyly. Cílem této diplomové práce je určit které klady haploskupin J a T1 by se na neolitické expanzi ve střední Evropě mohly podílet. Tyto haploskupiny jsme určili z D-loop oblasti mtDNA u souboru 281 vzorků současné populace České republiky. 36 sekvencí J a T1 mtDNA haploskupin jsme spolu s dříve publikovanými 124 sekvencemi haploskupiny J a 40 sekvencemi haploskupiny T1 z šesti států střední Evropy použili k sestavení fylogenetických sítí. Na jejich základě jsme identifikovali vnitřní diverzitu výše zmíněných haploskupin a datovali ji běžnými fylogenetickými postupy. Určili jsme tři klady haploskupiny J, které by se s ohledem na koalescenční stáří mohly na demografickém příspěvku neolitu podílet – J1b1a, J1c2 a J2a1a. Jejich zastoupení v našem souboru střední Evropy je ale jen 3,9 %. Domníváme se tedy, že demografický růst v období neolitu nemohl být na území střední Evropy příliš výrazný, a že se na šíření nového způsobu hospodaření museli podílet spíše lidé nesoucí haploskupiny, jejichž koalescenční věk spadá do starších období. Tyto výsledky jsou konfrontovány s výsledky studií zabývajících se izolací DNA z kosterních souborů neolitu a mezolitu stření Evropy.
Abstract:
ABSTRACT Agriculture, with different Neolithic cultures, starts in the Near East more than 10,000 years ago. This new way of life has very different archaeological manifestations that previous Mesolithic. After its Near Eastern emergence, the farming practices rapidly penetrated into southeastern Europe and the first signs of Neolithic in Central Europe are already 7,000 years old. It is being considered that the cultural innovations influenced demographic growth of the populations that have taken part in the Neolithic spread. In such situation, new mutations would have to fix and could form new specific haplogroups for Europe with ancestral ties to the Near East. Phylogeographic studies such as founder analysis of European and Near Eastern mtDNA sequences found that the European Neolithic component was enriched mainly by haplogroups J and T1, and that the genetic contribution of farming economy in European gene pool is about 10 - 20%. However, studies like these have not been yet realized in particular parts of Europe. The aim of this thesis is to disentangle the internal variability of Central European haplogroups J and T1 thought to be involved in the Neolithic demic diffusion. We classified these haplogroups from the HVS-I mtDNA sequences of 281 samples of the recent population of the Czech Republic. We used 36 sequences J and T1 mtDNA haplogroups plus 124 J and 40 T1 sequences of the six countries of Central Europe published before to calculate networks. We provide here age estimates of all revealed J a T1 Central European clades by conventional phylogenetic methods. We identified only three subclades of haplogroup J - J1b1a, J1c2, J2a1a whose coalescence age might indicate participations in the Neolithic expansion. Since their presence in our dataset is only 3.9%, we suppose that the demographic growth in the Neolithic could not be too strong in Central Europe and bearers of haplogroups with older coalescence age must have been engaged in the spread of the Neolithic technology in this region. Our results are also confronted with these obtained on ancient mtDNA isolated from the Central European Neolithic and Mesolithic remains.
Documents
Download Document Author Type File size
Download Text of the thesis Mgr. Edita Priehodová 2.44 MB
Download Attachment to the thesis Mgr. Edita Priehodová 886 kB
Download Abstract in czech Mgr. Edita Priehodová 87 kB
Download Abstract in english Mgr. Edita Priehodová 44 kB
Download Supervisor's review doc. Mgr. Viktor Černý, Dr. 64 kB
Download Opponent's review prof. MUDr. Radim Brdička, DrSc. 62 kB
Download Defence's report doc. Mgr. Vladimír Sládek, Ph.D. 147 kB