velikost textu

Efektory chromatinových modifikací a jejich vztah k regulaci transkripce na modelu Saccharomyces cerevisiae

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Efektory chromatinových modifikací a jejich vztah k regulaci transkripce na modelu Saccharomyces cerevisiae
Název v angličtině:
Chromatin modifiers and their relation to transcription regulation in Saccharomyces cerevisiae
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Mgr. Martina Hálová
Vedoucí:
doc. RNDr. Petr Folk, CSc.
Oponent:
doc. Mgr. David Staněk, Ph.D.
Id práce:
79258
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra buněčné biologie (31-151)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Buněčná a vývojová biologie (NBUNVYB)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
22. 9. 2011
Výsledek obhajoby:
Výborně
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
Prp45, elongace transkripce, Bur1, Bur2, Paf1, Rad6, Set1, methylace histonu H3
Klíčová slova v angličtině:
Prp45, transcription elongation, Bur1, Bur2, Paf1, Rad6, Set1, H3 methylation
Abstrakt:
Vztahy mezi transkripcí, úpravami primárního transkriptu a modifikacemi chromatinu jsou dosud jen nedostatečně poznány. Jedním z kandidátních faktorů, které tyto procesy spřahují, je lidský protein SNW1/SKIP. Tento protein je zapojen do regulace sestřihu pre mRNA a ovlivňuje transkripci jak na úrovni iniciace, tak na úrovni elongace. Podle hypotézy z laboratoře K. Jones je do procesu elongace transkripce zapojen prostřednictvím interakce s pozitivním transkripčním elongačním faktorem b a ovlivňuje také vznik methylace histonu H3 na lysinu 4, modifikaci spojenou s aktivní transkripcí (Bres et al., Genes Dev. 19:1211-26, 2005, Bres et al., Mol Cell. 36:75-87, 2009). Kvasinkový ortholog, protein Prp45, byl v literatuře dosud spojován pouze s regulací sestřihu. Nepublikované výsledky získané v naší a jiných laboratořích však poukázaly na jeho zapojení i do procesu elongace transkripce. Cílem diplomového projektu bylo hledat vztahy mezi Prp45 a faktory regulujícími transkripci. Bylo potvrzeno, že u buněk s mutací prp45(1-169) dochází ke zpoždění exprese genů PHO5 a PHO84. Byly zjištěny genetické interakce mezi PRP45 a některými geny kódujícími efektory chromatinových modifikací. Funkce Prp45 při expresi genů PHO5 a PHO84 byla dále blíže charakterizována testováním vlivu mutace prp45(1 169) a současné delece vybraného regulačního genu (BUR2, PAF1, RAD6 nebo SET1). Bylo zjištěno, že funkce proteinu Prp45 při expresi těchto genů souvisí s proteiny Rad6 a Set1, což potvrzuje jeho úlohu v regulaci transkripce. Dále byly potvrzeny a rozšířeny poznatky o vlivu některých vybraných efektorů na represi transkripce genu PHO5 v neindukčních podmínkách.
Abstract v angličtině:
Relations among transcription, pre-mRNA processing and chromatin modifications are only partially understood. The human protein SNW1/SKIP belongs to factors which couple these processes. The protein plays role in pre-mRNA splicing and transcription on the level of both initiation and elongation. According to the hypothesis of K. Jones laboratory, it physically and functionally interacts with positive transcription elongation factor b during transcription elongation and influences methylation of histone H3 on lysine 4, a modification characteristic for active transcription (Bres et al., Genes Dev. 19:1211-26, 2005, Bres et al., Mol Cell. 36:75-87, 2009). The yeast ortholog of SNW1/SKIP, Prp45, was until now reported only in connection with splicing regulation. However, unpublished results from our Laboratory and others showed that it is employed in transcription elongation as well. The aim of the diploma project was to search for the relations between Prp45 and the factors regulating transcription. It was confirmed that the mutation prp45(1 169) results in the delay of PHO5 and PHO84 expression during transcriptional induction. Next, we discovered new genetic interactions between PRP45 and several genes encoding the effectors of chromatin modifications. How Prp45 influences the expression of PHO5 and PHO84 was tested in prp45(1 169) mutated strains bearing the simultaneous deletion of a selected effector gene (BUR2, PAF1, RAD6, or SET1). It was discovered that the function of Prp45 during the expression of these genes is connected to Rad6 and Set1, which supports its role in transcription regulation. Finally, we provided new data on the influence of selected effectors on PHO5 repression under non-inducing conditions.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Martina Hálová 2.9 MB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Martina Hálová 42 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Martina Hálová 42 kB
Stáhnout Posudek vedoucího doc. RNDr. Petr Folk, CSc. 170 kB
Stáhnout Posudek oponenta doc. Mgr. David Staněk, Ph.D. 192 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby 47 kB