text size

Charakterizace PTEN domény vybraných forminů II. třídy Arabidopsis

Notice: I hereby declare that I am aware that the information acquired from theses published by Charles University may not be used for commercial purposes or may not be published for educational, scientific or other creative activities as activities of person other than the author.
Title:
Charakterizace PTEN domény vybraných forminů II. třídy Arabidopsis
Titile (in english):
Characterization of the PTEN domain of selected Arabidopsis class II formins
Type:
Diploma thesis
Author:
Mgr. Sylva Přerostová
Supervisor:
doc. RNDr. Fatima Cvrčková, Dr.
Opponent:
RNDr. Lenka Havelková, Ph.D.
Thesis Id:
79244
Faculty:
Faculty of Science (PřF)
Department:
Department of Experimental Plant Biology (31-130)
Study programm:
Biology (N1501)
Study branch:
Plant Anatomy and Physiology (NANAT)
Degree granted:
Mgr.
Defence date:
08/09/2011
Defence result:
Excellent
Language:
Czech
Keywords (in czech):
aktin, alternativní sestřih, fosfatidylinozitol-(3,4,5)-trisfosfát, GST fúze, huseníček rolní, mikrotubuly, Yellow fluorescent protein
Keywords:
actin, alternative splicing, phosphatidylinositol-(3,4,5)-triphosphate, GST phusion, microtubules, Yellow Fuorescent Protein.
Abstract (in czech):
Forminy jsou proteiny usnadňující tvorbu aktinových vláken. Ovlivňují strukturu cytoskeletu a účastní se cytokineze i směrovaného růstu. U Arabidopsis thaliana existují 2 třídy forminů, které obsahují FH1 a FH2 (Formin homology 1 a 2) doménu. Forminy třídy I mají většinou na N konci transmembránovou doménu, díky které mohou interagovat s membránami. Některé forminy třídy II obsahují PTEN doménu (Phosphatase and tensin homolog) odvozenou ze sekvence PTEN proteinů, která zřejmě ztratila funkci fosfatázy. Předpokládá se, že je schopná vazby na membránu, a to přes fosfatázovou část nebo přes C2 doménu. Tato práce byla zaměřena na formin AtFH13 z třídy II u Arabidopsis thaliana a na jeho PTEN doménu. Byly zjišťovány rozdíly mezi mutanty a kontrolou v délce kořenů u semenáčků a ve velikosti semen a semenných obalů. Na délce kořenů byl sledován také vliv dexametazonu na AtFH13. PTEN doména forminu byla pomnožena z cDNA, zaklonována do vektoru a sfúzována s YFP. Značený protein byl metodou tranzientní exprese vizualizován v pokožkových buňkách listů Nicotiana benthamiana. Mezi rostlinami mutantními v genu AtFH13 a kontrolou nebyl ve vybraných parametrech pozorován výrazný rozdíl. Dexametazon neměl na délku kořenů mutantních rostlin vliv. Semikvantitativní RT-PCR bylo prokázáno, že dexametazon nemá větší vliv ani na míru transkripce AtFH13 (v souladu s novými daty z Genevestigatoru). V databázích TAIR a UniProt byly nalezeny rozdíly v sekvenci AtFH13, včetně různých počátků translace. Díky speciálně navrženým primerům byla potvrzena shoda 5´-konce mRNA s databází TAIR. Osekvenováním izolované PTEN domény byly nalezeny 2 různé sestřihové varianty. Izolace celého genu AtFH13 se nezdařila. Značená PTEN doména byla lokalizována v cytoplazmě, v některých buňkách tvořila shluky připomínající vazbu na membránu endozómů nebo Golgiho aparátu.
Abstract:
Formins are proteins facilitating formation of actin filaments. They affect structure of cytoskeleton and participate in cytokinesis and tip growth. There are 2 classes of formins in Arabidopsis thaliana, which include FH1 and FH2 (Formin Homology 1 and 2) domain. Formins of the class I have usually a transmembrane domain on N-terminus. Due to this fact they can interact with membranes. Some formins from the class II include PTEN domain (Phosphatase and Tensin Homolog) derived from sequences of PTEN proteins which has lost the function of phosphatase. It is assumed this domain can bind on a membrane via the phosphatase section or C2 domain. This thesis was focused on the formin AtFH13 from the class II in Arabidopsis thaliana and on its PTEN domain. There were analyzed differences between mutants and wild-types in length of roots in seedlings and in size of seeds and seed coats, and observed the effect of dexamethasone on the length of roots on AtFH13. PTEN domain of the formin was isolated from cDNA, cloned to a vector and fused with YFP. The tagged protein was visualized by the method of transient expression in epidermal cells in the leaves of Nicotiana benthamiana. No big differences were observed between plants mutant in the gene AtFH13 and wild-type in choice parameters. Dexamethasone did´t influence root length of mutant plants. Semi-quantitative RT-PCR documented that dexamethasone does not noticeably affect transcription of AtFH13 (affirmed by data from Genevestigator). In databases TAIR and UniProt, differences in predicted sequences of AtFH13 were found, including various starts of translation. Match of 5´-terminus mRNA with the database TAIR was confirmed due to special designed primers. 2 different splicing alternatives were found after sequencing of isolated PTEN domain. Isolation of whole gene AtFH13 failed. Marked PTEN domain was localized in cytoplasm, in some cells formed clusters suggested binding to membranes of endosomes or Golgi complex.
Documents
Download Document Author Type File size
Download Text of the thesis Mgr. Sylva Přerostová 2.56 MB
Download Abstract in czech Mgr. Sylva Přerostová 42 kB
Download Abstract in english Mgr. Sylva Přerostová 42 kB
Download Supervisor's review doc. RNDr. Fatima Cvrčková, Dr. 48 kB
Download Opponent's review RNDr. Lenka Havelková, Ph.D. 28 kB
Download Defence's report prof. RNDr. Jana Albrechtová, Ph.D. 81 kB