velikost textu

Analýza aDNA ze zubů a kosterního materiálu s využitím miniSTR lokusů.

Upozornění: Informace získané z popisných dat či souborů uložených v Repozitáři závěrečných prací nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora.
Název:
Analýza aDNA ze zubů a kosterního materiálu s využitím miniSTR lokusů.
Název v angličtině:
Ancient-DNA analysis of teeth and skeletal remains with utilization of miniSTR loci.
Typ:
Diplomová práce
Autor:
Mgr. Bc. Dana Kvítková
Vedoucí:
RNDr. Jaroslav Brouček
Oponent:
RNDr. Miluše Dobisíková, Dr.
Id práce:
67695
Fakulta:
Přírodovědecká fakulta (PřF)
Pracoviště:
Katedra antropologie a genetiky člověka (31-110)
Program studia:
Biologie (N1501)
Obor studia:
Antropologie a genetika člověka (NANTR)
Přidělovaný titul:
Mgr.
Datum obhajoby:
14. 9. 2010
Výsledek obhajoby:
Dobře
Jazyk práce:
Čeština
Klíčová slova:
historická DNA, adsorpce na silikát, miniSTR, kost, zub
Klíčová slova v angličtině:
historical DNA, silica based extraction, miniSTR, bone, teeth
Abstrakt:
Abstrakt Během uplynulých dvaceti let došlo v oblasti analýzy DNA z historického materiálu k nesmírnému pokroku. Tato analýza se vzhledem k možnostem zachování jednotlivých tkání provádí především ze vzorků získaných z kostí a zubů. Výjimečně je možná analýza měkké mumifikované tkáně. Limitujícími faktory těchto analýz je vysoký stupeň degradace a malé množství DNA izolované z tohoto materiálu. První výzkumy byly zaměřeny pouze na krátké úseky především mitochondriální DNA. Dnes je již možná analýza celých mitochondriálních genomů současných i vyhynulých druhů živočichů. V případě analýz prováděných z lidských ostatků jsou mnohem cennější úseky jaderné DNA, které nám mohou pomoci určit pohlaví jedince, ale i možné příbuzenské vztahy jedinců pocházejících například z jednoho hrobu. Zásadním krokem celé analýzy DNA je její extrakce z buněk. V každé laboratoři, kde se pracuje s historickou DNA, využívají pravděpodobně jinak modifikovaný extrakční protokol. Hlavním požadavkem na extrakční metody je to, aby poskytovaly DNA v takovém množství a čistotě, aby mohla být využita během dalších kroků analýzy. Vzhledem k vysoké fragmentaci DNA je nutné tomuto faktu přizpůsobit všechny kroky analýzy - především její izolaci a amplifikaci. V neposlední řadě je důležité během práce (nejen) s historickou DNA dodržovat všechna opatření, která by měla zabránit kontaminaci způsobenou novodobou DNA a tak zničit výsledky celé analýzy. Náplní této práce byla analýza DNA jedinců pocházejících z několika pohřebišť různého stáří. Metoda byla nejprve ověřena na vzorcích, u kterých nedošlo k úspěšné analýze DNA dříve používanou metodou. Pro izolaci jsme vybrali protokol založený na adsorpci DNA na silikát. U získané aDNA jsme amplifikovali STR lokusy, přičemž jejich primery byly specielně navrženy tak, aby výsledné produkty syntézy byly co nejkratší, tedy použitelné pro analýzu degradované DNA. Získané STR profily jsme důkladně porovnávali s profily osob, které by mohli být zdrojem vnější kontaminace. Při zpracovávání této práce jsme dosáhli úspěšnosti analýzy přesahující 50%. Klíčová slova: historická DNA, adsorpce na silikát, miniSTR, kost, zub.
Abstract v angličtině:
Abstract During the last twenty years, immense progress occurred in the area of analysis of DNA extracted from historical material. Considering the common level of preservation of tissue material, this analysis is usually executed on samples procured from bones and teeth. The analysis of soft mummified tissue is possible only in rare cases. Limiting factor of these analyses is a high degree of degradation and small amount of DNA extractable from this kind of material. First researches concentrated only on short sections of mainly mitochondrial DNA. Today, the analysis of the complete mitochondrial genome of both contemporary and extinct organisms was made possible. In case of analyses conducted on human remains, sections of nuclear DNA are far more valuable, because they can reveal information including not only subject’s sex, but also possible kinship between subjects found e.g. in the same grave. Fundamental component of the whole analysis is the process of extracting DNA from cells. Probably every laboratory working with historical DNA uses a differently modified extract protocol. The main requirement for methods of extraction is to secure enough DNA with such a level of purity that would allow its use for following steps of the analysis. Taking in consideration high fragmentation of DNA, it is necessary to optimize all parts of the analysis to this factor - including its isolation and amplification. Last but not least, while working with (not only) historical DNA, it is important to abide by the precautions preventing contamination of the sample with recent DNA and consequently destroying the result of the analysis. The objective of this thesis was the analysis of DNA extracted from individuals from several burial-grounds belonging to different historical periods. First, this method was verified on samples, at which previous method of DNA analysis failed. For isolation of aDNA, we chose protocol based on silica extraction. On aDNA procured with the use of this method, we amplified STR locus with primers modified in a way making the resulting product of the synthesis usable for analysis of degraded DNA. Procured STR profiles were thoroughly compared with profiles of people, who might have been the source of external contamination. While working on this thesis, the analysis was successfully rendered in more than 50% of cases. Key words: historical DNA, silica based extraction, miniSTR, bone, teeth.
Dokumenty
Stáhnout Dokument Autor Typ Velikost
Stáhnout Text práce Mgr. Bc. Dana Kvítková 970 kB
Stáhnout Abstrakt v českém jazyce Mgr. Bc. Dana Kvítková 26 kB
Stáhnout Abstrakt anglicky Mgr. Bc. Dana Kvítková 8 kB
Stáhnout Posudek vedoucího RNDr. Jaroslav Brouček 37 kB
Stáhnout Posudek oponenta RNDr. Miluše Dobisíková, Dr. 35 kB
Stáhnout Záznam o průběhu obhajoby doc. RNDr. Petr Sedlak, Ph.D. 164 kB