text size

Interakce proteinů Prp22 a Prp45 ve spliceosomu pučící kvasinky

Notice: I hereby declare that I am aware that the information acquired from theses published by Charles University may not be used for commercial purposes or may not be published for educational, scientific or other creative activities as activities of person other than the author.
Title:
Interakce proteinů Prp22 a Prp45 ve spliceosomu pučící kvasinky
Titile (in english):
The interaction of Prp22 and Prp45 proteins in budding yeast spliceosome
Type:
Diploma thesis
Author:
Mgr. Lenka Senohrábková
Supervisor:
doc. RNDr. František Půta, CSc.
Opponent:
RNDr. Ivana Malcová, CSc.
Thesis Id:
66425
Faculty:
Faculty of Science (PřF)
Department:
Department of Cell Biology (31-151)
Study programm:
Biology (N1501)
Study branch:
Cellular and Developmental Biology (NBUNVYB)
Degree granted:
Mgr.
Defence date:
21/09/2010
Defence result:
Excellent
Language:
Czech
Keywords (in czech):
sestřih pre-mRNA, PRP22, PRP45
Keywords:
pre-mRNA splicing, PRP22, PRP45
Abstract (in czech):
Abstrakt Protein Prp22 je DEAH box RNA helikáza, která má dvě funkce v sestřihu pre-mRNA: účastní se druhé transesterifikační reakce (ATP independentní funkce) a uvolňuje maturovanou mRNA ze spliceosomu (ATP dependentní funkce). Prp45p, kvasinkový ortholog lidského transkripčního koregulátoru SNW/SKIP, je esenciální sestřihový faktor, přítomný ve spliceosomu po celou dobu sestřihové reakce. Mutanta prp45(1-169) geneticky interaguje s některými alelami NTC komplexu a sestřihovými faktory druhého kroku, včetně PRP22. Jedním z výsledků této práce je zjištění, že mutanty prp22(-158T) a prp22(-327A), které jsou synteticky letální s mutací prp45(1-169), mají kvůli mutaci v upstream regulační oblasti sníženou hladinu proteinu Prp22. Mutanty prp22(-158T), prp22(300PPI) a prp22(-327A) ovlivňují sestřih pre-mRNA s mutací v 5´ss v závislosti na sekvenci druhého exonu. N-terminální mutanty prp22(∆301) a prp22(∆350) jsou synteticky letální s prp45(1-169). Syntetická letalita je možná způsobena snížením efektivity vazby Prp22p do spliceosomů na úroveň, která není pro buňky již viabilní.
Abstract:
Abstract Protein Prp22 is a DEAH box RNA helicase, which plays two distinct roles in pre-mRNA splicing: it participates in second transesterification step (ATP independent function) and it releases mature mRNA from the spliceosome (ATP dependent function). Prp45p, yeast ortholog of the human transcription co-regulator SNW/SKIP, is an essential splicing factor, it is included in spliceosome throughout the splicing reaction. Mutant prp45(1-169) genetically interacts with some alleles of NTC complex and second step splicing factors, one of them is also gene PRP22. Here we present, that mutants prp22(-158T) and prp22(-327A), which are synthetically lethal with prp45(1-169), express lower amount of Prp22p due to the mutation in upstream regulation region. Mutants prp22(-158T), prp22(300PPI) and prp22(-327A) affect splicing of pre-mRNA with mutation in 5´ss with respect to sequence of the second exon. N-terminal mutants prp22(∆301) and prp22(∆350) are synthetically lethal with prp45(1-169). Synthetic lethality is possibly caused by lower efficiency of Prp22 recruitment to the spliceosomes, which is no more viable for cells.
Documents
Download Document Author Type File size
Download Text of the thesis Mgr. Lenka Senohrábková 6.09 MB
Download Abstract in czech Mgr. Lenka Senohrábková 39 kB
Download Abstract in english Mgr. Lenka Senohrábková 38 kB
Download Supervisor's review doc. RNDr. František Půta, CSc. 27 kB
Download Opponent's review RNDr. Ivana Malcová, CSc. 119 kB
Download Defence's report doc. RNDr. Petr Folk, CSc. 732 kB